Hi priya <br><br><a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/make_ndx" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/make_ndx</a> these <br>link may be help to you <br><br>i like to know how to calculate index groups for my micelles..<br>

<br>since
 i am having two micelles , one having 8molecules and another having 
2molecules.. residue number for that 2molecule micelle is 2 and 7..<br>
<br>can you help me how to form index group for this two micelles..<br><br>make_ndx  command need to be used .<br><br>i searched but couldnt get the point clearly ..<br><br>make_ndx –f .....gro/pdb –o my_index.ndx<br>You will see the following output (we left out the descriptive info at the beginning) followed by acommand prompt (&gt;).<br>
<br>Reading structure file<br>Going to read 0 old index file(s)<br>Analysing residue names:<br>There are:   129    Protein residues<br>There are: 10824      Water residues<br>There are:     8        Ion residues<br>Analysing Protein...<br>
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...<br><br>  0 System              : 34440 atoms<br>  1 Protein             :  1960 atoms<br>  2 Protein-H           :  1001 atoms<br>  3 C-alpha             :   129 atoms<br>
  4 Backbone            :   387 atoms<br>  5 MainChain           :   517 atoms<br>  6 MainChain+Cb        :   634 atoms<br>  7 MainChain+H         :   646 atoms<br>  8 SideChain           :  1314 atoms<br>  9 SideChain-H         :   484 atoms<br>
 10 Prot-Masses         :  1960 atoms<br> 11 non-Protein         : 32480 atoms<br> 12 Water               : 32472 atoms<br> 13 SOL                 : 32472 atoms<br> 14 non-Water           :  1968 atoms<br> 15 Ion                 :     8 atoms<br>
 16 CL                  :     8 atoms<br> 17 Water_and_ions      : 32480 atoms<br><br> nr : group       !   &#39;name&#39; nr name   &#39;splitch&#39; nr    Enter: list groups<br> &#39;a&#39;: atom        &amp;   &#39;del&#39; nr         &#39;splitres&#39; nr   &#39;l&#39;: list residues<br>
 &#39;t&#39;: atom type   |   &#39;keep&#39; nr        &#39;splitat&#39; nr    &#39;h&#39;: help<br> &#39;r&#39;: residue         &#39;res&#39; nr         &#39;chain&#39; char<br> &quot;name&quot;: group        &#39;case&#39;: case sensitive           &#39;q&#39;: save and quit<br>
 &#39;ri&#39;: residue index<br><br>&gt; <br><br>Use the ‘r’ command to enter the list of residue numbers that represent the N &amp; C termini of the<br>triple helix.<br>&gt; r 1 36 37 72 73 108<br>15 r_1_36_37_72_73_108 :<br>
51 atoms<br>Note: You may also use a dash to specify a residue number range (e.g. to specify residues 1 to 36<br>use &gt; r 1-36) ... OR, better yet, lets specify a residue range only including backbone atoms. Do<br>this with the ampersand for example ...<br>
&gt; r 1-36 &amp; a C N CA<br>The default name (r_1_36_37_72_73_108 ) giving to the new index group that you have just<br>created is cumbersome. Lets rename it using the name command. We will use the index group #<br>(15) in the command.<br>
&gt; name 15 Terminal<br>&gt; v(Verbose)<br>&gt;h for help give information on index tool <br>&gt;q for quite..<br>And use these index file by specifying it for further analysis...<br><br><br>you can make group by specifying atom no 0r range of atom that form micelle ..<br>
<br><br>Have a nice day........<br>With Best Wishes,<br><br><br>