<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 13/04/2012 3:08 AM, Qinghua Liao wrote:
    <blockquote
cite="mid:CA+y1NruBPQ93URno5vLO4tzwTQwS2=BrWbWp4cyCHn04LNcHfw@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear gmx users,
      <div><br>
      </div>
      <div><font size="4">I tried to apply distance restraints to my
          system, but I found that it failed because the distance
          between the restraints atoms in the last frame is bigger than
          what we want.</font></div>
    </blockquote>
    <br>
    Distance restraints aren't magic. There has to be an accessible
    simulation path from your initial conditions to one that satisfies
    the restraints. So far you haven't found one - there need not be
    one.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CA+y1NruBPQ93URno5vLO4tzwTQwS2=BrWbWp4cyCHn04LNcHfw@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div><font size="4">&nbsp;</font><span style="font-size:large">Here are
          the parameters for distance restraints in the topology file:</span></div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <div>[ distance_restraints ]</div>
        <div>; ai &nbsp; aj type index type&#8217; low &nbsp; up1 &nbsp; up2 &nbsp;fac</div>
        <div>&nbsp; &nbsp; 8 &nbsp;192 &nbsp;1 &nbsp; 0 &nbsp; 1 &nbsp; 0.0 &nbsp; 0.3 &nbsp; 0.4 &nbsp; 2.5</div>
        <div>&nbsp;&nbsp;18 &nbsp;203 &nbsp;1 &nbsp; 0 &nbsp; 1 &nbsp; 0.0 &nbsp; 0.3 &nbsp; 0.4 &nbsp; 2.5</div>
        <div>&nbsp; 20 &nbsp;205 &nbsp;1 &nbsp; 0 &nbsp; 1 &nbsp; 0.0 &nbsp; 0.3 &nbsp; 0.4 &nbsp; 2.5</div>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div><font size="4">and also I tried this (added four other
          distance restraints in the same two groups):</font></div>
      <div>
        <div>[ distance_restraints ]</div>
        <div>; ai &nbsp; aj type index type&#8217; low &nbsp; up1 &nbsp; up2 &nbsp;fac</div>
        <div>&nbsp; &nbsp;7 &nbsp;193 &nbsp;1 &nbsp; 0 &nbsp; 1 &nbsp; 0.0 &nbsp; 0.3 &nbsp; 0.4 &nbsp; 2.5</div>
        <div>&nbsp; &nbsp;8 &nbsp;192 &nbsp;1 &nbsp; 0 &nbsp; 1 &nbsp; 0.0 &nbsp; 0.3 &nbsp; 0.4 &nbsp; 2.5</div>
        <div>&nbsp; 11 &nbsp;195 &nbsp;1 &nbsp; 0 &nbsp; 1 &nbsp; 0.0 &nbsp; 0.3 &nbsp; 0.4 &nbsp; 2.5</div>
        <div>&nbsp; 18 &nbsp;202 &nbsp;1 &nbsp; 0 &nbsp; 1 &nbsp; 0.0 &nbsp; 0.3 &nbsp; 0.4 &nbsp; 2.5</div>
        <div>&nbsp; 20 &nbsp;202 &nbsp;1 &nbsp; 0 &nbsp; 1 &nbsp; 0.0 &nbsp; 0.3 &nbsp; 0.4 &nbsp; 2.5</div>
        <div>&nbsp; 18 &nbsp;203 &nbsp;1 &nbsp; 0 &nbsp; 1 &nbsp; 0.0 &nbsp; 0.3 &nbsp; 0.4 &nbsp; 2.5</div>
        <div>&nbsp; 20 &nbsp;205 &nbsp;1 &nbsp; 0 &nbsp; 1 &nbsp; 0.0 &nbsp; 0.3 &nbsp; 0.4 &nbsp; 2.5</div>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div><font size="4">I am sure that the atom numbers are right.</font></div>
      <div><font size="4">And the following lines are the mdp file I
          used:</font></div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <div>title &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;PDXN &nbsp;of Abeta in H2O</div>
        <div>;cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;/lib/cpp &nbsp; ; prepocessor of the
          current machine</div>
        <div>define &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= ;-DPOSRES&nbsp;</div>
        <div>integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;md &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; molecular dynamics
          algorithm</div>
        <div>tinit &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;; start time and timestep
          in ps</div>
        <div>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.002 &nbsp; &nbsp;; time step in ps</div>
        <div>nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1000000 &nbsp; ; number of steps for 1000
          ns run</div>
        <div>emtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;100 &nbsp; &nbsp;; convergence criterion</div>
        <div>emstep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.05 &nbsp; &nbsp; &nbsp;; intial step size</div>
        <div>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; step frequency for
          updating neighbour list</div>
        <div>ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;simple ;grid &nbsp; &nbsp; ; method for
          neighbour searching (?)</div>
        <div>nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;5000 &nbsp; &nbsp; ; frequency for writing
          coords to output .trr file</div>
        <div>nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; ; frequency for writing
          velocities to output...should be same as nstxout</div>
        <div>nstfout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; frequency for writing
          forces to output</div>
        <div>nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;5000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;; frequency for writing
          energies to log file</div>
        <div>nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;5000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;; frequency for writing
          energies to energy file</div>
        <div>nstxtcout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;5000 &nbsp; &nbsp; ; frequency for writing
          coords to xtc traj</div>
        <div>xtc_grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;system &nbsp; ; group(s) whose coords are
          to be written in xtc traj</div>
        <div>energygrps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;system &nbsp; ; group(s) whose energy is
          to be written in energy file</div>
        <div><br>
        </div>
        <div><span style="background-color:rgb(255,255,0)">;distance
            restraints</span></div>
        <div><span style="background-color:rgb(255,255,0)">disre &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
            &nbsp; &nbsp; &nbsp; = simple</span></div>
        <div><span style="background-color:rgb(255,255,0)">disre_fc &nbsp; &nbsp;
            &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 20000 &nbsp;<font size="4">; for the force, I tried
              3000, 6000, 10000 and 15000, but all the tests failed</font></span></div>
        <div><span style="background-color:rgb(255,255,0)">disre_mixed &nbsp;
            &nbsp; &nbsp; &nbsp; = yes</span></div>
        <div><span style="background-color:rgb(255,255,0)">disre_weighting
            &nbsp; &nbsp; = equal</span></div>
        <div><span style="background-color:rgb(255,255,0)">disre_tau &nbsp; &nbsp;
            &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10</span></div>
        <div><span style="background-color:rgb(255,255,0)">nstdisreout &nbsp;
            &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 100</span></div>
        <div>;</div>
        <div>comm_mode &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = angular</div>
        <div>nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10</div>
        <div>comm_grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = system</div>
        <div>;</div>
        <div>pbc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;no &nbsp; &nbsp; &nbsp; ;xyz &nbsp; &nbsp; &nbsp;; use pbc</div>
        <div>rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0 ;1.4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;; cutoff lengths (nm)</div>
        <div>epsilon_r &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;; Dielectric constant (DC)
          for twin-range or DC of reaction field</div>
        <div>niter &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;100 &nbsp; &nbsp; &nbsp;; Some thingies for future
          use&nbsp;</div>
        <div>fourierspacing<span class="Apple-tab-span"
            style="white-space:pre"> </span> &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.16</div>
        <div>fourier_nx &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;30</div>
        <div>fourier_ny &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;30</div>
        <div>fourier_nz &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;30</div>
        <div>coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;Cut-off &nbsp; &nbsp; &nbsp;; truncation for
          minimisation, with large cutoff</div>
        <div>rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0 ;1.4</div>
        <div>rcoulomb-switch &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0</div>
      </div>
      <div>
        <div>vdw-type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Cut-off &nbsp;; truncation for
          minimisation, with large cutoff</div>
        <div>rvdw-switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div>
        <div>rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0 ; 1.4 &nbsp; ; cut-off lengths</div>
        <div>;pme_order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 6 &nbsp; &nbsp;; EWALD/PME/PPPM
          parameters</div>
        <div>;ewald_rtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1e-05</div>
        <div>;ewald_geometry &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 3d</div>
        <div>epsilon_surface &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div>
        <div>optimize_fft &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = yes</div>
        <div>&nbsp;Free energy control stuff</div>
        <div>free_energy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= yes</div>
        <div>init_lambda &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.0</div>
        <div>delta_lambda &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0</div>
        <div>sc_alpha &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =0.5</div>
        <div>sc-power &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =1.0</div>
        <div>sc-sigma &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.3</div>
        <div>;nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; number of steps for
          centre of mass motion removal (in vacuo only!)</div>
        <div>Tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;V-rescale &nbsp;;Berendsen</div>
        <div>tc_grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = system &nbsp; &nbsp; ;Other Water_and_ions</div>
        <div>tau_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.5 &nbsp; ; 0.5&nbsp;</div>
        <div>ref_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 300 &nbsp; ; &nbsp; 300</div>
        <div>Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;no</div>
        <div>;Pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;Isotropic</div>
        <div>;tau_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.0 &nbsp;1.0 1.0</div>
        <div>
          ;ref_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.0 &nbsp;1.0 1.0</div>
        <div>;compressibility &nbsp; &nbsp; = &nbsp;4.5e-5 &nbsp; ; compressibility</div>
        <div>annealing &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;no &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; SIMULATED ANNEALING
          CONTROL&nbsp;</div>
        <div>;zero_temp_time &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; Time at which
          temperature should be zero (ps)</div>
        <div>gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;yes</div>
        <div>gen_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;300</div>
        <div>gen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;-1</div>
        <div>constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;all-bonds &nbsp;; OPTIONS FOR BOND
          CONSTRAINTS&nbsp;</div>
        <div>constraint-algorithm &nbsp;= Lincs &nbsp; ; Type of constraint
          algorithm</div>
        <div>lincs_order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;; Highest order in the
          expansion of the constraint coupling matrix</div>
        <div>lincs_warnangle &nbsp; &nbsp; = &nbsp;30 &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; Lincs will write a
          warning to the stderr if in one step a bond rotates&nbsp;</div>
        <div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; over more degrees than&nbsp;</div>
        <div>unconstrained-start &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no &nbsp; ; Do not constrain the
          start configuration</div>
        <div>;Shake-SOR &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no &nbsp; ; Use successive
          overrelaxation to reduce the number of shake iterations</div>
        <div>;shake-tol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1e-04 ; Relative tolerance of
          shake</div>
        <div>morse &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no &nbsp; ; Convert harmonic bonds to
          morse potentials</div>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div><font size="4">Could someone help me to figure it out? Is
          there some parameter that I missed to add? Thanks very much~</font></div>
      <div>
        <div><br>
        </div>
        -- <br>
        Best Regards,
        <div><br>
        </div>
        <div>Qinghua</div>
        <div><br>
        </div>
        <br>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>