
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div>Dear GROMACS users,</div><div>I wanna add add a FOR residue containing atom C and O. In oplsaa force field, the most similar residue to formyl (FOR) is ACE.</div><div>How I can change the ACE in .rtp file in oplsaa ff to define FOR residue as a new residue?</div><div>I did like this, Is it correct?</div><div><br>[ ACE ]<br>&nbsp;[ atoms ]<br>&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_135&nbsp;&nbsp; -0.180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp; HH31&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp; HH32&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp; HH33&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_235&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 O&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_236&nbsp;&nbsp; -0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>&nbsp;[ bonds ]<br>&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp; HH31<br>&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp; HH32<br>&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp; HH33<br>&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>[ impropers ]<br>&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; improper_O_C_X_Y <br><br>[ FOR ]<br>&nbsp;[ atoms ]<br>&nbsp; HH31&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp; HH32&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp; HH33&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_235&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_236&nbsp;&nbsp; -0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>&nbsp;[

 bonds ]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>[ impropers ]<br>&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; improper_O_C_X_Y</div><div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div>Shima<br></div><div><br></div></div></body></html>