Here is a brief summary of my situation:<br><br>From what my copy of gromacs tells me pdb2gmx is using a 53a6 forcefield from 2004.<br>I want to use the more recent carbohydrate specific 53a6_carbo force field.<br>I have only managed to find this force field in GROMOS format.<br>
<br>What I ultimately want is just the gromacs input topology files etc. generated by pdb2gmx (or some other equivalent application). I don&#39;t intend to actually run the simulation in gromacs, for that I will be using NAMD but I need the gromacs input files in order to perform the run through 53a6_carbo.<br>
<br>So as far as I can see I have a few options and I wanted to seek the advice of those with more experience than myself in the use of gromacs and associated applications:<br>1. someone has done this already and is willing to share<br>
2. convert GROMOS force field format (.mtb and .ifp) into gromacs format (.rtp, .itp, .atp etc.) and then incorporate that into pdb2gmx - if some sort of application exists for this then great otherwise it seems like a rather complicated task (not the incorporating but the converting)<br>
3. amend the existing 53a6 force field in pdb2gmx to incorporate the desired carbohydrate elements - is such a thing possible?<br>4. use something other than pdb2gmx that performs the same function<br><br>Any suggestions would be appreciated.<br>