
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

    Hi all,<br>

    <br>

    I'm working on MD simluations including Free energy calculations of

    polarizable water and polarizable ions. Normal MD simulations for

    water and ions are working fine. But when starting Free Energy

    calculation for ions+water, the simulation immediately aborts,

    giving the error:<br>

    <br>

    <i>Program mdrun_d, VERSION 4.5.5<br>

      Source code file: [...]/src/gromacs-4.5.5/src/mdlib/shellfc.c,

      line: 365<br>

      <br>

      Fatal error:<br>

      polarize can not be used with qA != qB</i><br>

    <br>

    Indeed, the ion force field consists only of the atom and the shell

    particle with different charges:<br>

    <br>

    [ atoms ]<br>

    ; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name&nbsp; cg nr&nbsp; charge<br>

    1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ClA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ClI&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ClA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

    2.630841e+00<br>

    2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ClS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ClI&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ClS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

    -3.630841e+00<br>

    <br>

    Even in the case, when init-lambda=0, which should be equal to a

    normal MD run, the error is obtained.<br>

    <br>

    The lines to control Free Energy calculations are the following:<br>

    <br>

    <i>free-energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>

      init-lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0<br>

      delta-lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.00<br>

      foreign_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.167<br>

      sc-alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; soft core is turned off for Coulomb

      decoupling<br>

      sc-sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0<br>

      sc_power&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>

      <br>

      couple-moltype&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = solute&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; name of moleculetype to

      decouple<br>

      couple-lambda0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = vdw-q&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; all interactions are on at

      start<br>

      couple-lambda1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = vdw&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; turn off coulomb interaction<br>

      couple-intramol&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>

      nstdhdl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>

      <br>

      separate_dhdl_file&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes</i><br>

    <br>

    Free Energy calculation works for non-polarizable ff. If someone

    could help me, I would be very grateful.<br>

    <br>

    Best<br>

    Tom<br>

  </body>

</html>