Hi,
<br>
<br>I would like to simulate protein in DMPC bilayer in Charmm36 ff.
<br>I checked mailing list and KALP-15 tutorial, but still I have a few 
basic questions.
<br>
<br>1) I have problem with DMPC bilayer...
<br>
<br>- VMD membrane builder only provides POPE and POPC lipids...
<br>
<br>- on the Peter Tieleman page there is a pdb but with different atom 
names and without H, of course I can rename atoms but pdb2gmx would not 
regenerate hydrogens - lipids.hdb file is empty
<br>
<br>- I have found also this page: 
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://terpconnect.umd.edu/%7Ejbklauda/research/download.html">http://terpconnect.umd.edu/~jbklauda/research/download.html</a> and it works 
but I am not able to extend bilayer with genconf... I always end up with 
separated copies of starting patch... even with -dist 0 0 0.
<br>
<br>2) How to choose proper lipid patch size and simulation box size? For 
globular proteins I would just run editconf with -bt dodecahedron -d 1. 
How it is done in membrane protein simulation?
<br>
<br>
<br>Thanks a lot for any help and suggestions.
<br>Best!
<br>
<br>tomek