Hi all,<br><br>I have done complex (protein + ligand) complex from autodock software using this complex im trying to follow<br><br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/01_pdb2gmx.html">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/01_pdb2gmx.html</a>  tutorial<br>
<br>But when i take complex structure directly from autodock result and run PDB2GMX it will give error because it is not recognizing ligand topology <br>which is in complex structure.<br>Then i followed justin tutorial took protein alone and applied Charmm27 Force field and used generate ligand topologies using Swissparam tool (<a href="http://swissparam.ch/">http://swissparam.ch/</a>) when i do Editconf and created cubic box ligand is going away from protein.<br>
<br>Actually my main task to place ligand in paraticular binding site in my protein and perform molecular dynamics.<br><br>Can any body tell me how to do this..?<br><br><br>Thanks in advance<br clear="all"><br>-- <br><span><br>
Sainitin D</span> <br><span></span><br>