<div>Dear Gmx Users,</div>
<div> </div>
<div>I run implicit simulation for 1 us with virtual sites on hydrogens, then using VMD extracted coordinates into the pdb file. As I want to run explicit solvent simulation now I removed hydrogens so that pdb2gmx will add them. Then I got an error while trying to pdb2gmx using Charmm27:</div>

<div> </div>
<div>Atom MNZ1 in residue LYS 107 was not found in rtp entry LYS with 22 atoms<br>while sorting atoms.</div>
<div> </div>
<div>How come this atom appears in my pdb file? Any suggestions?</div>
<div> </div>
<div>Thank you,</div>
<div> </div>
<div>Steven</div>