Dear Gromacs Users! <br><br>By that moments I&#39;ve completed 2 sets of simulation in high temperature<br><br>1- With applied posres on the backbone atoms ( fc= 200 ).<br><br>The result was- that the posres prevented motion of the helixes as the rigid bodies so I&#39;ve not noticed any conformation sampling.<br>
<br>Question : Could I observe some conformation sampling on that trajectory by means of some external tricks ? E.g extracting of the eigenvectors via PCA?<br><br>2 With applied network of disres applied on backbone atoms of the helix elements of my protein within Rc=1nm.<br>
<br>As the result of that simulation I&#39;ve observed distortion of my protein wich resulted in some kind of shrinking of the helix elements.<br><br>Question :  How I could specify that disres more correctly ? If I&#39;ve observed some kind of shrinking of my protein does it means that Rc was chosen incorectly or should I define disres in anothe manner ? ( I&#39;have not quite understand what exatly is the R_fract and in what situation it could be useful ).<br>
<br>James<br>