<div>Dear Gmx Users,</div>
<div> </div>
<div>I am doing Umbrella Sampling on the cluster with wall time of 72h and Temporary Directory ($TMP) where all jobs and temporary files are stored and removed. I want to run my umbrella sampling window from previous checkpoint file:</div>

<div> </div>
<div><span lang="EN">
<p>module load gromacs/4.5.4</p>
<p>module load mpi</p>
<p>module load intel-suite/11.1</p>
<p>　</p>
<p>cp /work//Umbrella/8/umbrella0* $TMP</p>
<p>cp /work/Umbrella/8/pullf-umbrella0.xvg $TMP</p>
<p>cp /work/Umbrella/8/pullx-umbrella0.xvg $TMP</p>
<p>cp -r /Umbrella/8/charmm27mod.ff/ $TMP</p>
<p>pbsexec mpiexec mdrun -s umbrella0.tpr -cpi umbrella0.cpt -deffnm umbrella0 -pf pullf-umbrella0.xvg -px pullx-umbrella0.xvg</p>
<p>cp $TMP/umbrella0* /work//Umbrella/8</p>
<p>cp $TMP/pullf-umbrella0.xvg /work/Umbrella/8</p>
<p>cp $TMP/pullx-umbrella0.xvg /work//Umbrella/8</p>
<p> </p>
<p>So every time I need to copy all my files then run a job and copy them back. My question: If my files are deleted from temporary directory does it mean that final pullf.xvg and pullx.xvg files will not be updtated from previous simulation but created new? Is there any solution to avoid this??</p>

<p> </p>
<p>Thank you, </p>
<p>Steven</p></span></div>