Hello Justin, <br>Thanks for your reply. <br>Now I have another question about appending the data to previous files.<br>I am running the simulation on a cluster and this is how the main line on my job script looks like:<br>
<br clear="all">mpiexec -n 10 mdrun_dp_mpich2 -s equil_02.tpr -cpi equil_01.cpt -append yes<br><br>Initially i didn&#39;t specify the append option as appending is the default behavior as of version 4.5<br>I am using version 4.5.5, (gromacs/4.5.5-dp-mpich2/bin/mdrun_dp)<br>
Even after specifying the append option, I can see the following new files are being created,<br>traj.trr, traj.xtc, ener.edr, md.log.<br><br>thanks<br>Shyno<br><br>Shyno Mathew<br>PhD student<br>Department of Chemical Engineering<br>
Columbia University<br><br>