<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    What's residue nr. 7? Is it an standard one? <br>
    <br>
    The way to solve the problem is to inspect the PDB file where
    gmx2pdb encounters problems. In your case, take a look to residue
    nr. 7 and compare it with the residue specifications in the rtp
    file. Can you post both?<br>
    <br>
    Javier<br>
    <br>
    El 18/04/12 12:34, aiswarya pawar escribi&oacute;:
    <blockquote
cite="mid:CAEa6cRBb82mFLH_8vBFYaztdwP4TDTA0VROOWveE070kYNCF5Q@mail.gmail.com"
      type="cite"><br>
      Hi Javier,<br>
      <br>
      I did tried using the swisspdb for adding missing atoms still am
      receiving the same error.<br>
      <br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Wed, Apr 18, 2012 at 3:44 PM, Javier
        Cerezo <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:jcb1@um.es">jcb1@um.es</a>&gt;</span> wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt
          0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
          <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"> Your PDB structure have
            probably some missing atoms. Check if this is the case for
            residue nr. 7. <br>
            <br>
            To solve it you can use an external tool to process your PDB
            file adding the missing atoms. I've used SwissPDB and worked
            fine.<br>
            <br>
            Javier<br>
            <br>
            El 18/04/12 11:24, aiswarya pawar escribi&oacute;:
            <div>
              <div class="h5">
                <blockquote type="cite">Hi Users,<br>
                  <br>
                  I did the following step=<br>
                  &nbsp;pdb2gmx -ignh -f 1ahw.pdb -o sample.pdb -p sample.top<br
                    clear="all">
                  <br>
                  <br>
                  and received an error= Atom ND1 not found in residue <a
                    moz-do-not-send="true" href="http://seq.nr"
                    target="_blank">seq.nr</a>. 7 while adding atom.<br>
                  <br>
                  I dont understand how do i rectify this.<br>
                  <br>
                  <br>
                  -- <br>
                  Aiswarya <br>
                  <br>
                  <fieldset></fieldset>
                  <br>
                </blockquote>
                <br>
              </div>
            </div>
            <span class="HOEnZb"><font color="#888888">
                <div>-- <br>
                  Javier CEREZO BASTIDA<br>
                  PhD Student<br>
                  Physical Chemistry<br>
                  Universidad de Murcia<br>
                  Murcia (Spain)<br>
                  Tel: (+34)868887434 </div>
              </font></span></div>
          <br>
          --<br>
          gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
          <a moz-do-not-send="true"
            href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
            target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
          Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
          before posting!<br>
          Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
          www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
          Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br clear="all">
      <br>
      -- <br>
      Aiswarya&nbsp; B Pawar<br>
      <br>
      <div>
        Project Assistant,<br>
        Bioinformatics Dept, <br>
        Indian Institute of Science<br>
        Bangalore<br>
        <br>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <div class="moz-signature">-- <br>
      Javier CEREZO BASTIDA<br>
      PhD Student<br>
      Physical Chemistry<br>
      Universidad de Murcia<br>
      Murcia (Spain)<br>
      Tel: (+34)868887434
    </div>
  </body>
</html>