<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Of my first mail, only the attachment was printed in the mailing
    list. I am sorry for the inconvenience. The attachment can be sent
    by request.<br>
    <br>
    ----------<br>
    <br>
    Hi all,<br>
    <br>
    Recently, I posted a problem concerning the usage of polarizable ff
    in conjunction with free energy calculation. Sadly I got no answer,
    but after some research, I hope I have isolated the problem.<br>
    <br>
    Using a polarizable ff without free energy makes no problems. As
    soon as free energy is turned on, Gromacs gives the error:<br>
    <br>
    <i>Program mdrun_d, VERSION 4.5.5<br>
      Source code file: [...]/src/gromacs-4.5.5/src/mdlib/shellfc.c,
      line: 365<br>
      <br>
      Fatal error:<br>
      polarize can not be used with qA != qB</i><br>
    <br>
    This error occurs, even if the atom and the shell particle have the
    same charge or are unaltered by the free energy option, e.g.
    lambda=0.0 and multiplication with (1-lambda). Because of this, I
    guess there is a problem with different charge variables being
    single and double precision due to multiplication with lambda.<br>
    <br>
    The error occurs in this segment of shellfc.c:<br>
    <small><big><br>
        &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; case F_POLARIZATION:<br>
        &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; if (qS != atom[aS].qB)<br>
        &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx_fatal(FARGS,"polarize can not be used with qA !=
        qB");</big><br>
    </small><br>
    If anybody knows, how to correct this, I would be very grateful.<br>
    Moreover I'm wondering about the physical meaning of the
    if-statement. <br>
    <br>
    Best<br>
    Tom<br>
  </body>
</html>