<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 19/04/2012 2:18 AM, Mark Abraham wrote:
    <blockquote cite="mid:4F8EE95E.8000009@anu.edu.au" type="cite">
      <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
        http-equiv="Content-Type">
      On 18/04/2012 10:32 PM, Tom Kirchner wrote:
      <blockquote cite="mid:4F8EB456.8050100@mis.mpg.de" type="cite">
        <meta http-equiv="content-type" content="text/html;
          charset=ISO-8859-1">
        Of my first mail, only the attachment was printed in the mailing
        list. I am sorry for the inconvenience. The attachment can be
        sent by request.<br>
      </blockquote>
      <br>
      They came through.<br>
      <br>
      <blockquote cite="mid:4F8EB456.8050100@mis.mpg.de" type="cite"> <br>
        ----------<br>
        <br>
        Hi all,<br>
        <br>
        Recently, I posted a problem concerning the usage of polarizable
        ff in conjunction with free energy calculation. Sadly I got no
        answer, but after some research, I hope I have isolated the
        problem.<br>
      </blockquote>
      <br>
      Thanks for the clear report.<br>
      <br>
      <blockquote cite="mid:4F8EB456.8050100@mis.mpg.de" type="cite"> <br>
        Using a polarizable ff without free energy makes no problems. As
        soon as free energy is turned on, Gromacs gives the error:<br>
        <br>
        <i>Program mdrun_d, VERSION 4.5.5<br>
          Source code file: [...]/src/gromacs-4.5.5/src/mdlib/shellfc.c,
          line: 365<br>
          <br>
          Fatal error:<br>
          polarize can not be used with qA != qB</i><br>
        <br>
        This error occurs, even if the atom and the shell particle have
        the same charge or are unaltered by the free energy option, e.g.
        lambda=0.0 and multiplication with (1-lambda). Because of this,
        I guess there is a problem with different charge variables being
        single and double precision due to multiplication with lambda.<br>
      </blockquote>
      <br>
      ... well, likely some kind of floating-point-algebra failure,
      anyway.<br>
    </blockquote>
    <br>
    Hmm, no actually the issue is that qA is -1 and qB is 0 for the
    second atom. I have no idea how that arises.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:4F8EE95E.8000009@anu.edu.au" type="cite"> <br>
      <blockquote cite="mid:4F8EB456.8050100@mis.mpg.de" type="cite"> <br>
        The error occurs in this segment of shellfc.c:<br>
        <small><big><br>
            &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; case F_POLARIZATION:<br>
            &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; if (qS != atom[aS].qB)<br>
            &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx_fatal(FARGS,"polarize can not be used with qA !=
            qB");</big><br>
        </small><br>
        If anybody knows, how to correct this, I would be very grateful.<br>
      </blockquote>
      <br>
      I've uploaded a draft fix to <a moz-do-not-send="true"
        class="moz-txt-link-freetext"
        href="https://gerrit.gromacs.org/#/c/746/">https://gerrit.gromacs.org/#/c/746/</a><br>
      <br>
      <blockquote cite="mid:4F8EB456.8050100@mis.mpg.de" type="cite">
        Moreover I'm wondering about the physical meaning of the
        if-statement. <br>
      </blockquote>
      <br>
      No idea.<br>
      <br>
      Mark<br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>