<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 19/04/2012 4:55 PM, James Starlight wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAALQopwKRxtuXGhfG_J=N14Fh=9QuMFGhHTpTs_raxsyzVvmLg@mail.gmail.com"
      type="cite">Justin,<br>
      <br>
      <br>
      I've tested default disres applied to my protein under high
      temperature condiitions.<br>
      <br>
      I've observed that default disre_dist as well as its values up to
      0.3 nm in general prevent destabilisation of my protein under
      non-native conditions allowing some dynamics of the restrained
      regions ( I've not used disre_frac in all this experiments). But
      starting from the values of 0.5 nm my protein was perturbed again.<br>
      <br>
      So the remained questions are<br>
      <br>
      1) Firstly&nbsp; I'd like to test different cutoff radii for the
      increasing\decreasing number of disres but I didnt know how
      exactly define this value more accuracy ( previously I've used
      such cutoff radius for normal mode analysis of such protein ( in
      thact case Rc define contacts&nbsp; between C-alpha atoms ) where the
      value of 0.8-1 nm gave me good results).<br>
      <br>
      2) My protein consist of some internal water mollecules wich I've
      defined explicitly as the separate group (I've coppied coordinates
      of such waters from the X-ray structure ).&nbsp; During dynamics RUN
      I've noticed that some of this waters were moved out from receptor
      to the SOL layer and only several waters remined in the bounded
      state with the interoiour of my protein.</blockquote>
    <br>
    Diffusion in and out of receptors is physical - you may not want to
    prevent that. At high temperatures the rate of diffusion will
    increase, and this is yet another problem with your attempted
    approach.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAALQopwKRxtuXGhfG_J=N14Fh=9QuMFGhHTpTs_raxsyzVvmLg@mail.gmail.com"
      type="cite"> How I could specify T_couple and COM groups for such
      internal waters most accyracy?</blockquote>
    <br>
    COM removal is not for preventing a group of atoms from moving.
    Maybe a COM virtual site with a position restraint would achieve
    that, but if you really need to keep some water in the receptor, you
    need to put position restraints on those waters (and pray that your
    results mean something and people have a reason to believe you).<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAALQopwKRxtuXGhfG_J=N14Fh=9QuMFGhHTpTs_raxsyzVvmLg@mail.gmail.com"
      type="cite"> I've tried to define it as the part of SOL_Ions layer
      as well as in the common group with the protein for both the
      T_coupling and COM but I have not noticed any difference between
      that simulations. <br>
      <br>
      <br>
      Thanks for help again,<br>
      <br>
      <br>
      James<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">16 &#1072;&#1087;&#1088;&#1077;&#1083;&#1103; 2012&nbsp;&#1075;. 18:09 &#1087;&#1086;&#1083;&#1100;&#1079;&#1086;&#1074;&#1072;&#1090;&#1077;&#1083;&#1100;
        Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span>
        &#1085;&#1072;&#1087;&#1080;&#1089;&#1072;&#1083;:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
          <div class="im"><br>
            <br>
            James Starlight wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
              .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              Justin,<br>
              <br>
              <br>
              Thank you for explanation. Tomorrow I'll try to check
              results of simulation with the disres applied with its
              default values as well as with narrower -disre_dist values
              ( ignorring -disre_frac option at all ) &nbsp;and post here
              results of such simulations.<br>
              <br>
              <br>
              1) The cut-off distance wich I've specified was defined
              with the genrest comand with the -cutoff 1.0 flag. Finally
              all restrains were apllied on the backbone atoms of alpha
              helices of the Transmembrane domain of my protein wich
              I've defined in the index.ndx file. So all loops of my
              protein were not-restrained at all.<br>
              <br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          Ah, I see now.
          <div class="im"><br>
            <br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
              .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              Also I have some small &nbsp;question about size of output edr
              file. I've noticed that size of this files of such
              simulations &nbsp;(with the disres applied as well as with the
              -pd flag ) is a very big ( 10-15 gb) Why this occurs and
              how I could fix it?<br>
              <br>
              <br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          There are energy terms associated with distance restraints.
          &nbsp;They cause the .edr file to get large very fast if you have a
          lot of them. &nbsp;You'll have to decrease nstenergy to make the
          files smaller, or not use the restraints.
          <div class="HOEnZb">
            <div class="h5"><br>
              <br>
              -Justin<br>
              <br>
              -- <br>
              ========================================<br>
              <br>
              Justin A. Lemkul<br>
              Ph.D. Candidate<br>
              ICTAS Doctoral Scholar<br>
              MILES-IGERT Trainee<br>
              Department of Biochemistry<br>
              Virginia Tech<br>
              Blacksburg, VA<br>
              jalemkul[at]<a moz-do-not-send="true" href="http://vt.edu"
                target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
              <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin"
                target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
              <br>
              ========================================<br>
              -- <br>
              gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              <a moz-do-not-send="true"
                href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
                target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
                target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
              the www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
                target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
              Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
                target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>