<br clear="all"><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">Hi,</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)"><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">I am trying to use Thole potential to implement polarization effects with drudes. I know NAMD and CHARMM have clear protocols, but I am unable to find much information on how it is implemented in Gromacs. Can someone tell me where I can find an example file to understand the use of [polarization] and [thole_polarization] in the topology file?</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">
<br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">Thanks,</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">Sai</span>
</div>-- <br><div><br></div><i>&quot;Every sentence I utter must be understood not as an affirmation but as a question.&quot; - Niels Bohr</i><br>