<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div>Dear gmx users,</div><div><br></div><div>I am a new user of gromacs.<br></div><div><br></div><div>I solvated my protein in water. Now&nbsp; I want to neutralize the system. I added 2 CL ions to the system but when run the following command, get the fatal error:</div><div><br></div><div># genion -s ions.tpr -o monomer_solv_ions.gro -p topol.top -nname CL -nn 2<br></div><pre><span style="font-weight: bold;">fatal error: The solvent group non-Protein is not continuous: index[2]=2, index[3]=237</span><br><br>I searched the mailing list and saw your suggestions about reordering the [ molecules ] section. But how is it? What does it mean? I did not get what to do.<br><br>Thanks in advance,<br>Shima<br><br></pre></div></body></html>