<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Hi</div><div><br></div><div>I got always the same error.&nbsp; I tried</div><div><br></div><div>trjconv -n index.ndx -s molecule_in_water.pdb -o output<br></div><div><br></div><div>Could you please send an example command how to get the coordinate file out of my index file? <br></div><div><br></div><div>I typed trjconv -h but I can't filter the knowledge out, thats to much for me. <br></div><div><br></div><div>Thanks for helping<br></div><div>Greetings</div><div>Lara<br><span></span></div><div><br><span></span></div><div><span></span></div><div><br></div>  <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span
 style="font-weight:bold;">Von:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">An:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Gesendet:</span></b> 22:37 Sonntag, 22.April 2012<br> <b><span style="font-weight: bold;">Betreff:</span></b> Re: [gmx-users] File editing - only one layer of water around a molecule<br> </font> </div> <br><br><br>On 4/22/12 3:55 PM, Lara Bunte wrote:<br>&gt; Hi Justin<br>&gt;<br>&gt; You wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;If you do not specify any output file, the default is this .xvg file that<br>&gt; tells you how many atoms satisfied the &gt;criterion specified in the selection<br>&gt; string. If you want a coordinate file, it's a two-step process.<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;1. Run g_select using the -on flag to produce an output index file of the<br>&gt; atoms that satisfy your criterion.<br>&gt;&nbsp;
 &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;2. Use trjconv with that index file in and your coordinate file to generate<br>&gt; the structure with those atoms.<br>&gt;<br>&gt; I used the command:<br>&gt;<br>&gt; g_select -s molecule_in_water.pdb -select '"Close to ISO" resname SOL and within<br>&gt; 0.5 of resname ISO' -on<br>&gt;<br>&gt; And got the size.xvg file and an index.ndx file. Than I want to make my<br>&gt; coordinate file by<br>&gt;<br>&gt; trjconv -n index.ndx<br>&gt;<br>&gt; and got the error<br>&gt;<br>&gt; Can not open file:<br>&gt; traj.xtc<br>&gt;<br>&gt; I have no traj.xtc file.<br>&gt;<br><br>If you do not specify any other options, trjconv (like all Gromacs programs) <br>searches for default file names (listed in the manual and/or the help <br>information printed with -h).&nbsp; You need to provide explicit file names for -s <br>and -f in this case, and perhaps -o to choose an appropriate file name and <br>format if for some reason you do not wish to use
 the default name.<br><br>-Justin<br><br>-- <br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't
 post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>