; ; File 'tripep_gro455.top' was generated ; By user: onbekend (0) ; On host: onbekend ; At date: Thu Apr 19 18:34:45 2012 ; ; This is a standalone topology file ; ; It was generated using program: ; pdb2gmx_d - VERSION 4.5.5 ; ; Command line was: ; pdb2gmx_d -f tripep.pdb -o tripep_gro455.gro -p tripep_gro455.top -nice 2 ; ; Force field was read from the standard Gromacs share directory. ; ; Include forcefield parameters #include "amber03.ff/forcefield.itp" [ moleculetype ] ; Name nrexcl Protein 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB ; residue 1 VAL rtp NVAL q +1.0 1 N3 1 VAL N 1 0.0577 14.01 ; qtot 0.0577 2 H 1 VAL H1 2 0.2272 1.008 ; qtot 0.2849 3 H 1 VAL H2 3 0.2272 1.008 ; qtot 0.5121 4 H 1 VAL H3 4 0.2272 1.008 ; qtot 0.7393 5 CT 1 VAL CA 5 -0.0054 12.01 ; qtot 0.7339 6 HP 1 VAL HA 6 0.1093 1.008 ; qtot 0.8432 7 CT 1 VAL CB 7 0.3196 12.01 ; qtot 1.163 8 HC 1 VAL HB 8 -0.0221 1.008 ; qtot 1.141 9 CT 1 VAL CG1 9 -0.3129 12.01 ; qtot 0.8278 10 HC 1 VAL HG11 10 0.0735 1.008 ; qtot 0.9013 11 HC 1 VAL HG12 11 0.0735 1.008 ; qtot 0.9748 12 HC 1 VAL HG13 12 0.0735 1.008 ; qtot 1.048 13 CT 1 VAL CG2 13 -0.3129 12.01 ; qtot 0.7354 14 HC 1 VAL HG21 14 0.0735 1.008 ; qtot 0.8089 15 HC 1 VAL HG22 15 0.0735 1.008 ; qtot 0.8824 16 HC 1 VAL HG23 16 0.0735 1.008 ; qtot 0.9559 17 C 1 VAL C 17 0.6163 12.01 ; qtot 1.572 18 O 1 VAL O 18 -0.5722 16 ; qtot 1 ; residue 2 GLU rtp GLU q -1.0 19 N 2 GLU N 19 -0.423392 14.01 ; qtot 0.5766 20 H 2 GLU H 20 0.306811 1.008 ; qtot 0.8834 21 CT 2 GLU CA 21 0.031633 12.01 ; qtot 0.9151 22 H1 2 GLU HA 22 0.0651 1.008 ; qtot 0.9802 23 CT 2 GLU CB 23 0.074772 12.01 ; qtot 1.055 24 HC 2 GLU HB1 24 -0.003535 1.008 ; qtot 1.051 25 HC 2 GLU HB2 25 -0.003535 1.008 ; qtot 1.048 26 CT 2 GLU CG 26 -0.033909 12.01 ; qtot 1.014 27 HC 2 GLU HG1 27 -0.004135 1.008 ; qtot 1.01 28 HC 2 GLU HG2 28 -0.004135 1.008 ; qtot 1.006 29 C 2 GLU CD 29 0.765188 12.01 ; qtot 1.771 30 O2 2 GLU OE1 30 -0.824035 16 ; qtot 0.9468 31 O2 2 GLU OE2 31 -0.824035 16 ; qtot 0.1228 32 C 2 GLU C 32 0.469735 12.01 ; qtot 0.5925 33 O 2 GLU O 33 -0.592528 16 ; qtot 0 ; residue 3 VAL rtp CVAL q -1.0 34 N 3 VAL N 34 -0.3821 14.01 ; qtot -0.3821 35 H 3 VAL H 35 0.2681 1.008 ; qtot -0.114 36 CT 3 VAL CA 36 -0.3438 12.01 ; qtot -0.4578 37 H1 3 VAL HA 37 0.1438 1.008 ; qtot -0.314 38 CT 3 VAL CB 38 0.194 12.01 ; qtot -0.12 39 HC 3 VAL HB 39 0.0308 1.008 ; qtot -0.0892 40 CT 3 VAL CG1 40 -0.3064 12.01 ; qtot -0.3956 41 HC 3 VAL HG11 41 0.0836 1.008 ; qtot -0.312 42 HC 3 VAL HG12 42 0.0836 1.008 ; qtot -0.2284 43 HC 3 VAL HG13 43 0.0836 1.008 ; qtot -0.1448 44 CT 3 VAL CG2 44 -0.3064 12.01 ; qtot -0.4512 45 HC 3 VAL HG21 45 0.0836 1.008 ; qtot -0.3676 46 HC 3 VAL HG22 46 0.0836 1.008 ; qtot -0.284 47 HC 3 VAL HG23 47 0.0836 1.008 ; qtot -0.2004 48 C 3 VAL C 48 0.835 12.01 ; qtot 0.6346 49 O2 3 VAL OC1 49 -0.8173 16 ; qtot -0.1827 50 O2 3 VAL OC2 50 -0.8173 16 ; qtot -1 [ bonds ] ; ai aj funct c0 c1 c2 c3 1 2 1 1 3 1 1 4 1 1 5 1 5 6 1 5 7 1 5 17 1 7 8 1 7 9 1 7 13 1 9 10 1 9 11 1 9 12 1 13 14 1 13 15 1 13 16 1 17 18 1 17 19 1 19 20 1 19 21 1 21 22 1 21 23 1 21 32 1 23 24 1 23 25 1 23 26 1 26 27 1 26 28 1 26 29 1 29 30 1 29 31 1 32 33 1 32 34 1 34 35 1 34 36 1 36 37 1 36 38 1 36 48 1 38 39 1 38 40 1 38 44 1 40 41 1 40 42 1 40 43 1 44 45 1 44 46 1 44 47 1 48 49 1 48 50 1 [ pairs ] ; ai aj funct c0 c1 c2 c3 1 8 1 1 9 1 1 13 1 1 18 1 1 19 1 2 6 1 2 7 1 2 17 1 3 6 1 3 7 1 3 17 1 4 6 1 4 7 1 4 17 1 5 10 1 5 11 1 5 12 1 5 14 1 5 15 1 5 16 1 5 20 1 5 21 1 6 8 1 6 9 1 6 13 1 6 18 1 6 19 1 7 18 1 7 19 1 8 10 1 8 11 1 8 12 1 8 14 1 8 15 1 8 16 1 8 17 1 9 14 1 9 15 1 9 16 1 9 17 1 10 13 1 11 13 1 12 13 1 13 17 1 17 22 1 17 23 1 17 32 1 18 20 1 18 21 1 19 24 1 19 25 1 19 26 1 19 33 1 19 34 1 20 22 1 20 23 1 20 32 1 21 27 1 21 28 1 21 29 1 21 35 1 21 36 1 22 24 1 22 25 1 22 26 1 22 33 1 22 34 1 23 30 1 23 31 1 23 33 1 23 34 1 24 27 1 24 28 1 24 29 1 24 32 1 25 27 1 25 28 1 25 29 1 25 32 1 26 32 1 27 30 1 27 31 1 28 30 1 28 31 1 32 37 1 32 38 1 32 48 1 33 35 1 33 36 1 34 39 1 34 40 1 34 44 1 34 49 1 34 50 1 35 37 1 35 38 1 35 48 1 36 41 1 36 42 1 36 43 1 36 45 1 36 46 1 36 47 1 37 39 1 37 40 1 37 44 1 37 49 1 37 50 1 38 49 1 38 50 1 39 41 1 39 42 1 39 43 1 39 45 1 39 46 1 39 47 1 39 48 1 40 45 1 40 46 1 40 47 1 40 48 1 41 44 1 42 44 1 43 44 1 44 48 1 [ angles ] ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3 2 1 3 1 2 1 4 1 2 1 5 1 3 1 4 1 3 1 5 1 4 1 5 1 1 5 6 1 1 5 7 1 1 5 17 1 6 5 7 1 6 5 17 1 7 5 17 1 5 7 8 1 5 7 9 1 5 7 13 1 8 7 9 1 8 7 13 1 9 7 13 1 7 9 10 1 7 9 11 1 7 9 12 1 10 9 11 1 10 9 12 1 11 9 12 1 7 13 14 1 7 13 15 1 7 13 16 1 14 13 15 1 14 13 16 1 15 13 16 1 5 17 18 1 5 17 19 1 18 17 19 1 17 19 20 1 17 19 21 1 20 19 21 1 19 21 22 1 19 21 23 1 19 21 32 1 22 21 23 1 22 21 32 1 23 21 32 1 21 23 24 1 21 23 25 1 21 23 26 1 24 23 25 1 24 23 26 1 25 23 26 1 23 26 27 1 23 26 28 1 23 26 29 1 27 26 28 1 27 26 29 1 28 26 29 1 26 29 30 1 26 29 31 1 30 29 31 1 21 32 33 1 21 32 34 1 33 32 34 1 32 34 35 1 32 34 36 1 35 34 36 1 34 36 37 1 34 36 38 1 34 36 48 1 37 36 38 1 37 36 48 1 38 36 48 1 36 38 39 1 36 38 40 1 36 38 44 1 39 38 40 1 39 38 44 1 40 38 44 1 38 40 41 1 38 40 42 1 38 40 43 1 41 40 42 1 41 40 43 1 42 40 43 1 38 44 45 1 38 44 46 1 38 44 47 1 45 44 46 1 45 44 47 1 46 44 47 1 36 48 49 1 36 48 50 1 49 48 50 1 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5 2 1 5 6 9 2 1 5 7 9 2 1 5 17 9 3 1 5 6 9 3 1 5 7 9 3 1 5 17 9 4 1 5 6 9 4 1 5 7 9 4 1 5 17 9 1 5 7 8 9 1 5 7 9 9 1 5 7 13 9 6 5 7 8 9 6 5 7 9 9 6 5 7 13 9 17 5 7 8 9 17 5 7 9 9 17 5 7 13 9 1 5 17 18 9 1 5 17 19 9 6 5 17 18 9 6 5 17 19 9 7 5 17 18 9 7 5 17 19 9 5 7 9 10 9 5 7 9 11 9 5 7 9 12 9 8 7 9 10 9 8 7 9 11 9 8 7 9 12 9 13 7 9 10 9 13 7 9 11 9 13 7 9 12 9 5 7 13 14 9 5 7 13 15 9 5 7 13 16 9 8 7 13 14 9 8 7 13 15 9 8 7 13 16 9 9 7 13 14 9 9 7 13 15 9 9 7 13 16 9 5 17 19 20 9 5 17 19 21 9 18 17 19 20 9 18 17 19 21 9 17 19 21 22 9 17 19 21 23 9 17 19 21 32 9 20 19 21 22 9 20 19 21 23 9 20 19 21 32 9 19 21 23 24 9 19 21 23 25 9 19 21 23 26 9 22 21 23 24 9 22 21 23 25 9 22 21 23 26 9 32 21 23 24 9 32 21 23 25 9 32 21 23 26 9 19 21 32 33 9 19 21 32 34 9 22 21 32 33 9 22 21 32 34 9 23 21 32 33 9 23 21 32 34 9 21 23 26 27 9 21 23 26 28 9 21 23 26 29 9 24 23 26 27 9 24 23 26 28 9 24 23 26 29 9 25 23 26 27 9 25 23 26 28 9 25 23 26 29 9 23 26 29 30 9 23 26 29 31 9 27 26 29 30 9 27 26 29 31 9 28 26 29 30 9 28 26 29 31 9 21 32 34 35 9 21 32 34 36 9 33 32 34 35 9 33 32 34 36 9 32 34 36 37 9 32 34 36 38 9 32 34 36 48 9 35 34 36 37 9 35 34 36 38 9 35 34 36 48 9 34 36 38 39 9 34 36 38 40 9 34 36 38 44 9 37 36 38 39 9 37 36 38 40 9 37 36 38 44 9 48 36 38 39 9 48 36 38 40 9 48 36 38 44 9 34 36 48 49 9 34 36 48 50 9 37 36 48 49 9 37 36 48 50 9 38 36 48 49 9 38 36 48 50 9 36 38 40 41 9 36 38 40 42 9 36 38 40 43 9 39 38 40 41 9 39 38 40 42 9 39 38 40 43 9 44 38 40 41 9 44 38 40 42 9 44 38 40 43 9 36 38 44 45 9 36 38 44 46 9 36 38 44 47 9 39 38 44 45 9 39 38 44 46 9 39 38 44 47 9 40 38 44 45 9 40 38 44 46 9 40 38 44 47 9 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 5 19 17 18 4 17 21 19 20 4 21 34 32 33 4 26 30 29 31 4 32 36 34 35 4 36 49 48 50 4 ; Include Position restraint file #ifdef POSRES #include "posre.itp" #endif [ system ] ; Name Protein [ molecules ] ; Compound #mols Protein 1