Hi Gromacs Friends,<br>  Sorry me for asking stupid question....<br>I am using gromacs 4.5.4  <br>  To calculate Hydrogen bonds,<br>   I use the command <br>   g_hbond -f nojump_fit.xtc -s input_md.tpr <br>   -num hbnum_nojump.xvg -dist hbdist.xvg -ang hbang.xvg -hbm bmap.xpm <br>
   -n my_index.ndx <br>I got the plot that show hydrogen bond .<br> When I extract the particular time pdb <br>with trjconv -dump option , and visualize in pymol I can see the hydrogen bonds in all extracted frames..<br>but when I am using the VMD for visualization with following set up for hydrogen bond,<br>
Distance cutoff - 3.5 and angle cutoff 30, (As per the manual of Gromacs) I can see the hydrogen bond in some frame only,<br>and some frames does not show hydrogen bonds at all , though the hbnum_nojump.xvg shows that<br>
these frame has hydrogen bonds.<br><br><br>Can any one tell me these reason and what to do in such conditions ???  <br><br>If you have spare time , Please help me to know the best way to determine hydrogen <br>bonds number in trajectory by Gromacs......<br>
<br><br>With Best Wishes,<br>Rama David <br><br>