<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1">
<div style="direction: ltr;font-family: Calibri;color: #000000;font-size: 12pt;">
But the best would be to grompp (NPT) windows (lets say every 10-20 frames) of your configuration and at the end of grompp you will see the actual distance the gromacs will consider.<br>
<br>
Jan <br>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div><font face="Arial" size="2"></font><br>
</div>
</div>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF294070"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> gmx-users-bounces@gromacs.org [gmx-users-bounces@gromacs.org] on behalf of Shilpi Chaurasia [shilpi.chaurasia@unimi.it]<br>
<b>Sent:</b> Monday, April 23, 2012 3:59 PM<br>
<b>To:</b> gmx-users@gromacs.org<br>
<b>Subject:</b> [gmx-users] g_dist explanation<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>&nbsp;Hi Gromacs users,<br>
<br>
I am using pull code to separate two units of a protein dimer. I have run the pulling simulation for 650 ps and got pullx.xvg and pullf.xvg files, where the data is printed at every 0.01 ps (according to pull_nstxout &amp; pull_nstfout, both are 10 in this case)
 as given below <br>
<br>
0.0000&nbsp; 0.000322052<br>
0.0100&nbsp; 0.173534<br>
0.0200&nbsp; 0.297454<br>
0.0300&nbsp; 0.416585<br>
0.0400&nbsp; 0.519195<br>
0.0500&nbsp; 0.597541<br>
...<br>
<br>
Now, I want to calculate the distance between COM of two groups using <span style="font-weight:bold">
g_dist </span>and printing the output data in the same time steps as in .xvg files. I tried but the output data is printed at every 2ps steps as following:<br>
<br>
&nbsp;&nbsp; 0.0000000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.0175037&nbsp;&nbsp; -0.0010343&nbsp;&nbsp; -0.0055513&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.0175018<br>
&nbsp;&nbsp; 2.0000000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.0188007&nbsp;&nbsp; -0.0202498&nbsp;&nbsp; -0.0114326&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.0187674<br>
&nbsp;&nbsp; 4.0000000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.0377693&nbsp;&nbsp; -0.0229554&nbsp;&nbsp; -0.0129814&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.0377254<br>
&nbsp;&nbsp; 6.0000000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.0435743&nbsp;&nbsp; -0.0226321&nbsp;&nbsp; -0.0043244&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.0435410<br>
&nbsp;&nbsp; 8.0000000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.0615864&nbsp;&nbsp; -0.0312104&nbsp;&nbsp; -0.0116682&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.0615177<br>
...<br>
<br>
command used <br>
g_dist -f&nbsp; *.xtc -s *.tpr -n index.ndx -o dist.xvg -b 0 -dt 1 -e 650<br>
<br>
I have also tried by using different values for 'dt' but it doesn't help. <br>
If someone could tell me how to control the time steps in g_dist output, in this case I want the output to be printed in the steps of 0.01 ps<br>
<br>
thanks,<br>
Shilpi </div>
</div>
</div>
</body>
</html>