<div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Rossen Apostolov</b> <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rossen@kth.se">rossen@kth.se</a>&gt;</span><br>
Date: Mon, Apr 23, 2012 at 11:53 PM<br>Subject: Re: error in using gromacs for MD simulation<br>To: vineetha mandlik &lt;<a href="mailto:vinee2here@gmail.com">vinee2here@gmail.com</a>&gt;<br><br><br>
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Please send your questions to the mailing list
    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>. This is the administrative mail.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
    <br>
    Rossen</font></span><div><div class="h5"><br>
    <br>
    On 2012-04-23 17.12, vineetha mandlik wrote:
    <blockquote type="cite">
      
      Respected Sir,
      <div><br>
      </div>
      <div>   Thanks for your reply. I had written to you previously
        regarding the error in the grompp command when running the MD
        simulation of a protein, structure was obtaining using homology
        modelling approach.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>The error reported was : Number of coordinates in coordinate
        file (z_b4em.gro) does not match that of topology file (z.top).
        We are however not able to run the nohup command because of the
        above mentioned error.  I m sending you the pdb,top and gro
        files along with a file containing the commands and output
        obtained.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Your help in resolving this issue would be highly
        appreciated. </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Thanking you.</div>
      <div>Vineetha.</div>
    </blockquote>
  </div></div></div>

</div><br></div>