
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div>Dear gmx users,</div><div>I want to simulate popc in water. What I have done is:</div><div>1.<span>B</span>uild the popc.top file using the popc.itp parameters and including gmx.ff, lipid.itp and spce.itp in it as below;</div><div><br></div><div><br></div><div>; Include forcefield parameters<br>#include "./gmx.ff/forcefield.itp"<br><br>; Include water topology<br>#include "./gmx.ff/spce.itp"<br><br>#include "lipid.itp"<br><br><br>[ moleculetype ]<br>; Name&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br><br>[ atoms ]<br>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp; residu&nbsp;&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 LC3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; POP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4000&nbsp;&nbsp; 15.0350&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; qtot:0.36&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LC3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; POP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4000&nbsp;&nbsp; 15.0350&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; qtot:0.72 <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .</div><div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .</div><div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .</div><div>[ bonds ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj funct<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.14700E+00 0.37660E+06<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.15300E+00 0.33470E+06<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.14300E+00 0.25100E+06<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; .

</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; .</div>

<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; .</div>

<div><br><br>[ pairs ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj funct<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; . <br></div><div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; .</div><div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; .</div><div><br></div><div>[ angles ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak funct<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.10950E+03 0.46020E+03<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.10950E+03 0.46020E+03<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.12000E+03

 0.39750E+03<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.10960E+03 0.39750E+03<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 48&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.11100E+03 0.46020E+03<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.10950E+03 0.33470E+03<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.10950E+03 0.33470E+03<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.10950E+03

 0.33470E+03<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.10950E+03 0.37660E+03<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.10950E+03 0.37660E+03<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.10950E+03 0.37660E+03<br><br>[ dihedrals ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al funct&nbsp;&nbsp; phi0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mult<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.76&nbsp;&nbsp; 3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.85&nbsp;&nbsp; 3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; .</div><div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; .</div><div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; .</div><div><br></div><div>&nbsp;[ dihedrals ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al funct<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 35.264&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33470E+03<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 0.00000E+00 0.16740E+03<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 35&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 0.00000E+00 0.16740E+03<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 167.360&nbsp; <br><br><br>[ system ]<br>; name<br>POPC in water<br><br>[ molecules ]<br>; name&nbsp;&nbsp;&nbsp; number<br>POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 128&nbsp;&nbsp; <br>SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3802</div><div><br></div><div>But I still get the "fatal error : Atomtype LC3 not found&nbsp; ".&nbsp; <br></div><div>What&nbsp; is the problem? Anybody may help me please?</div><div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div>Shima<br></div><div><br></div><div></div></div></body></html>