<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META content="text/html; charset=us-ascii" http-equiv=Content-Type>
<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.19222"></HEAD>
<BODY>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=828441910-24042012>Dear 
gmx-users,</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=828441910-24042012>I know that this is 
one of the most frequent subjects in the gmx-users list, however please let me 
ask you for a direct answer, since it seems to me that this particular question 
was not treated before.</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN 
class=828441910-24042012></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=828441910-24042012>I'm performing MD 
simulations on a dimeric protein, using a rhombic dodecahedric box. I made 3 
simulations in which my&nbsp;system&nbsp;was subjected to different isotropic 
pressures&nbsp;(first simulation:&nbsp;room pressure; second simulation: small 
increase of pressure; third simulation: big increase of pressure). I run 50 ns 
simulation for each system, and at the end of simulations I checked for the 
visualization of the system with VMD and for the RMSD against the starting 
configuration.</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=828441910-24042012>Using g_rms command, 
I checked for the backbone RMSD against starting structure (fullMD.tpr file). 
The first system stabilized after a few ns of simulation, and then the RMSD 
remained constant. The second system stabilized after a few ns of simulation, 
but with a quantity of "spikes". The third system stabilized after a few ns of 
simulation and then, at about 30 ns of simulation, the RMSD value jumped on from 
approx. 0.4 nm to &gt; 4 nm and stayed stable on that new value until the end of 
simulation.</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=828441910-24042012>I had a look at this 
trajectory with VMD, and saw that the dimeric protein separates into two 
monomers. This phenomenon is consistent with some experimental data about the 
protein, and it seems to me consistent also with the RMSD trend found on the 
trajectory. However, due to visualization problems with my rhombic system, I 
decided to apply trjconv -pbc nojump:</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN 
class=828441910-24042012></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=828441910-24042012>trjconv -s 
fullMD.tpr -f fullMD.xtc -o fullMD_noj.xtc -pbc nojump</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial><SPAN class=828441910-24042012>(choosing System=0 
as option)</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=828441910-24042012><FONT size=2 face=Arial>After this action, I 
re-calculated the RMSD of the simulations using the same options as before...and 
found that in the third simultion the RMSD is no longer jumping on to &gt; 4 nm. 
The visualization of the trajectory shows the protein in form of a dimer that 
fluctuates into the zone of "spreaded" solvent (no longer a 
box).</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=828441910-24042012><FONT size=2 
face=Arial></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=828441910-24042012><FONT size=2 face=Arial>My question is: was 
the separation into two monomers a simple artifact of the simulation, corrected 
by trjconv, or is trjconv able to affect&nbsp;the results&nbsp;of the system in 
such a way that when monomers truly separate, trjconv is able to "force" them 
together again? How can I check for these two possibilities? Finally: in this 
last case, can you suggest me other ways to manage the trajectories in order to 
remove the spikes related to jump across the periodic 
boundaries?</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=828441910-24042012><FONT size=2 
face=Arial></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=828441910-24042012><FONT size=2 face=Arial>Thank you very much 
for help, and best regards</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=828441910-24042012><FONT size=2 
face=Arial>Anna</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=828441910-24042012></SPAN><FONT size=2 
face=Arial>____________________________________________________</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Anna Marabotti, Ph.D.</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Web page: <A 
href="http://bioinformatica.isa.cnr.it/anna/anna.htm">http://bioinformatica.isa.cnr.it/anna/anna.htm</A></FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>"When a man with a gun meets a man with 
a pen, the man with a gun is a dead man"</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>(Roberto Benigni, about Roberto 
Saviano)</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>