Hi Gromacs Users,<div>I want to mutate a glutamate in my protein to alanine in presence of a ligand.</div><div>With glutamate, the protein charge is -3. To neutralize the system, I added 3K+ ions.</div><div>Now when I mutate GLU to ALA, the charge in state_B will be +1 (protein -2 + 3K+).</div>

<div><br></div><div>Right now I&#39;m in the charge part of the mutation. Once this is successful, I will include the VDW mutation too.</div><div><br></div><div>I have added the mutation details of Glu to Ala residue in the topology in [atoms], [bonds], [angles] and [dihedrals] sections.</div>
<div><br></div><div>After I run the grompp command, the result says that my State_B topology has +1 charge since I am not including mutation of one K+ ion to neutral K+ ion.</div><div>How can I mutate 1 particular K+ to K atom and subsequently to a dummy atom? Since I&#39;m using OPLS force field, we have ions.itp to be used in the topology file, changing one K+ is making it troublesome for me to implement in the topology file.</div>

<div>Any suggestions are helpful.</div><div><br></div><div>Thanks for your time.</div><div><br></div><div>Regards<br>Sai</div><div><br></div><div><br></div>