<div dir="ltr"><div class="gmail_extra">Thanks dear Justin.</div><div class="gmail_extra"> </div><div class="gmail_extra">No, the protein is moving in right direction, but I am going to restrain any changing the position and then monitory these movements during MD run.</div>
<div class="gmail_extra">I could see the Pos. Res. works in md.log file.</div><div class="gmail_extra"> </div><div class="gmail_extra">Regards,</div><div class="gmail_extra">Dariush<br><br></div><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 26, 2012 at 1:38 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid" class="gmail_quote"><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
On 4/26/12 1:35 PM, Dariush Mohammadyani wrote:<br>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid" class="gmail_quote">
Dear All,<br>
I am using CG-MD using MARTINI forcefield. The system contains Protein and lipid<br>
bilayer. Although I used:<br>
define = -DPOSRES<br>
components in system were moving around and interact with each other. Then, I<br>
cannot do NVT or NPT equilibration.<br>
Could you please let me know how can I control this kind of movements?<br>
</blockquote>
<br></div></div>
If molecules that should be restrained are moving inappropriately, then the restraints are not being replied properly in the topology.  In the absence of more substantial information, there&#39;s nothing else that can be said.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" target="_blank" value="+15402319080">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
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</font></span></blockquote></div><div class="gmail_extra"><br><br clear="all"><br><br>
</div></div>