Hi Thales,<div><br></div><div>Amber 1.5? You mean Amber12 and ambertools12?</div><div><br></div><div>I haven&#39;t test with them yet, but it would help me if you run in the debug mode and post the output here for me:</div>

<div> <br>acpype -di proteinname.mol2 -c user</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Alan</div><div><br><div class="gmail_quote">On 26 April 2012 19:02, Thales Kronenberger <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:kronenberger7@gmail.com">kronenberger7@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I configure Amber1.5 and installed the Acpype compatible (the tests went pretty well)<br><br>BUT when I tried to submit my own job by the line<br>

<br>acpype -i proteinname.mol2 -c user<br><br>i got the message:<br><br>==============================<div>

=================================================================<br>| ACPYPE: AnteChamber PYthon Parser interfacE v. 2011-12-19 11:11:36Z Rev: 373 (c) 2011 AWSdS |<br>
===============================================================================================<br>ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: &#39;tmp&#39;<br>Total time of execution: less than a second<br>laboratorio24@laboratorio24-desktop:~/dinamicas/ATP$<br>



<br>it&#39;s my first time so take it easy pls ;)<br></div><br>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Alan Wilter SOUSA da SILVA, DSc<div>

Bioinformatician, UniProt - PANDA, EMBL-EBI<br>CB10 1SD, Hinxton, Cambridge, UK</div><div>+44 1223 49 4588</div><br>
</div>