<div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 27, 2012 at 1:01 PM, Bala S <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:think_beyond@aol.com" target="_blank">think_beyond@aol.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear Justin<br>
<br>
Thanks for the explanation.<br>
<br>
I am following your tutorial of KALP membrane simulation. I am stuck in<br>
between two steps of InflateGRO. After the first step, the tutorial requests<br>
to perform EM. Should I be running grompp with new system_inflated.gro file<br>
to generate a new .tpr file for EM or should I perform EM with em.tpr which </blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
was generated some time back in the tutorial? </blockquote><div><br></div><div>You should run grompp with the inflated .gro file (system_inflated.gro) since you will be minimizing the inflated .gro file after every compression step to remove bad contacts. The earlier em.tpr was used to remove periodicity of the bilayer only.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">The latter ran EM but the<br>
former shows error &#39;number of coordinates in coordinate file<br>
(system_inflated.gro, 6438)<br>
             does not match topology (topol.top, 17403)&quot;<br></blockquote><div><br></div><div>The difference in atom numbers might be because your .top file contains some extra molecules in the [ molecules ] section (may be SOL). Use .top file that contains only protein and lipid molecules.</div>
<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Thanks.<br>
<br>
Bala S<br>
<br>
<br>
--<br>
View this message in context: <a href="http://gromacs.5086.n6.nabble.com/GPCR-MD-Tutorial-Using-GROMACS-URL-tp4930034p4933137.html" target="_blank">http://gromacs.5086.n6.nabble.com/GPCR-MD-Tutorial-Using-GROMACS-URL-tp4930034p4933137.html</a><br>

<div class="im HOEnZb">Sent from the GROMACS Users Forum mailing list archive at Nabble.com.<br>
</div><div class="HOEnZb"><div class="h5">--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>