<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    If you are only interested in conformational sampling, then it makes
    sense to start at 300 K or even higher - maybe 320 K. The main
    reason for working at lower temperatures is if your system <br>
    is unstable - eg. if you expect that the molecule will be mostly
    unfolded at 300 K and you want to sample the folded state. Another
    reason might be having experimental data at lower T, but this<br>
    is problematic, as it is hard to model temperature-dependent
    properties with simple force fields.<br>
    <br>
    Krzysztof Kuczera<br>
    <br>
    On 4/27/12 10:06 AM, Tomek Wlodarski wrote:
    <blockquote
cite="mid:CANAOJCuHJeNYjNJb_Sntvxw1cuSydEx=zgf=pGC9e5VXGM5hHQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Context-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      Hi Mark,
      <div><br>
      </div>
      <div>Thanks for reply.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>The problem is that I have never found in the papers
        reasoning behind the the lower than 300K temperatures.</div>
      <div>Moreover, authors were interested in properties in 300K or
        above.</div>
      <div>I was wondering if this is not based on experience that REMD
        implemented in gromacs works better when you also include lower
        temperature.?</div>
      <div>best!</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>tomek<br>
        <div><br>
          <div>
            On Fri, Apr 27, 2012 at 3:40 PM, Mark Abraham <span>&lt;<a
                moz-do-not-send="true"
                href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>
            wrote:<br>
            <blockquote>
              <div>
                <div>On 27/04/2012 10:59 PM, Tomek Wlodarski wrote:<br>
                  <blockquote>
                    Hi,<br>
                    <br>
                    I have notice that quite often people in REMD
                    simulation use replicas in lower than 300K temp.<br>
                    Using for example temperature ranges from 250 to
                    450K<br>
                    I am wondering what is the purpose of those
                    replicas.<br>
                    I have limited computational resources and I am
                    wondering if for studing 175 aa protein is better to
                    start from 250K and up to 350 K or choose from
                    300-400K (just an example)<br>
                    <br>
                  </blockquote>
                  <br>
                </div>
              </div>
              Depends on the temperature(s) at which you wish to make
              observations. Sampling is normally enhanced at higher
              temperatures, so unless you want the ensemble at some low
              temperatures, it is normal to start at your lowest
              observation temperature.<br>
              <br>
              Of course, you could always read the reasoning provided by
              the authors in their paper, or email them for
              clarification...<span> <br>
                <br>
                Mark<br>
                -- <br>
                gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
                <a moz-do-not-send="true"
                  href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/
                  mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
                Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/
                  Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
                Please don't post (un)subscribe requests to the list.
                Use the www interface or send it to <a
                  moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
                Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
                  href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/
                  Support/Mailing_Lists</a><br>
              </span></blockquote>
          </div>
          <br>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Krzysztof Kuczera
Departments of Chemistry and Molecular Biosciences
The University of Kansas
2010 Malott Hall
Lawrence, KS 66045
Tel: 785-864-5060 Fax: 785-864-5396 email: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:kkuczera@ku.edu">kkuczera@ku.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://oolung.chem.ku.edu/~kuczera/home.html">http://oolung.chem.ku.edu/~kuczera/home.html</a>

</pre>
  </body>
</html>