<html>
  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <font size="+1"><font face="Arial">hello:<br>
          I am running NPT on a blue gene cluster, but the jobs always
        failed with following messages. However, everything goes well if
        I run it on my local cluster:<br>
        <br>
        <br>
        ---------------log-----------------------------------<br>
        ol 0.66! imb F  6% pme/F 0.45 step 900, will finish Mon Apr 30
        04:46:31 2012<br>
        vol 0.66! imb F  6% pme/F 0.46 step 1000, will finish Mon Apr 30
        04:41:19 2012<br>
        <br>
        Step 1053, time 2.106 (ps)  LINCS WARNING<br>
        relative constraint deviation after LINCS:<br>
        rms 0.000303, max 0.005164 (between atoms 18949 and 18948)<br>
        bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
         atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>
          18949  18948   42.3    0.1112   0.1117      0.1111<br>
        <br>
        Step 1054, time 2.108 (ps)  LINCS WARNING<br>
        relative constraint deviation after LINCS:<br>
        rms 3.732914, max 37.515310 (between atoms 18947 and 18945)<br>
        bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
         atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>
          18948  18949   90.0    0.1117   4.2691      0.1111<br>
          18947  18945   90.0    0.1110   4.2791      0.1111<br>
        <br>
        Step 1054, time 2.108 (ps)  LINCS WARNING<br>
        relative constraint deviation after LINCS:<br>
        rms 1.580342, max 37.414397 (between atoms 18949 and 18948)<br>
        bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
         atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>
          18949  18948   90.0    0.1117   4.2678      0.1111<br>
          18945  18947   89.9    0.1110   4.2789      0.1111<br>
        Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>
        Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>
        <br>
        Step 1055:<br>
        <br>
        Step 1055:<br>
        The charge group starting at atom 18949 moved than the distance
        allowed by the domain decomposition (0.920188) in direction Z<br>
        The charge group starting at atom 18947 moved than the distance
        allowed by the domain decomposition (0.920188) in direction Z<br>
        distance out of cell -2.676795<br>
        distance out of cell 1.235327<br>
        Old coordinates:    5.667    0.005    7.374<br>
        Old coordinates:    5.792    6.019    7.474<br>
        New coordinates:    3.633    6.161    3.620<br>
        New coordinates:    8.203   -0.016   10.910<br>
        Old cell boundaries in direction Z:    6.295    7.449<br>
        Old cell boundaries in direction Z:    7.351    9.673<br>
        New cell boundaries in direction Z:    6.297    7.450<br>
        New cell boundaries in direction Z:    7.357    9.674<br>
        <br>
        <br>
        Program mdrun_mpi_bg, VERSION 4.5.5<br>
        Source code file: ../../../src/mdlib/domdec.c, line: 4124<br>
        <br>
        Fatal error:<br>
        A charge group moved too far between two domain decomposition
        steps<br>
        This usually means that your system is not well equilibrated<br>
        For more information and tips for troubleshooting, please check
        the GROMACS<br>
        website at <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
        -------------------------------------------------------<br>
        <br>
        "They Were So Quiet About It" (Pixies)<br>
        <br>
        Error on node 53, will try to stop all the nodes<br>
        Halting parallel program mdrun_mpi_bg on CPU 53 out of 64<br>
        <br>
        -------------------------------------------------------<br>
        Program mdrun_mpi_bg, VERSION 4.5.5<br>
        Source code file: ../../../src/mdlib/domdec.c, line: 4124<br>
        <br>
        Fatal error:<br>
        A charge group moved too far between two domain decomposition
        steps<br>
        This usually means that your system is not well equilibrated<br>
        For more information and tips for troubleshooting, please check
        the GROMACS<br>
        website at <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
        -------------------------------------------------------<br>
        <br>
        "They Were So Quiet About It" (Pixies)<br>
        <br>
        Error on node 62, will try to stop all the nodes<br>
        Halting parallel program mdrun_mpi_bg on CPU 62 out of 64<br>
        <br>
        gcq#37: "They Were So Quiet About It" (Pixies)<br>
        <br>
        Abort(-1) on node 53 (rank 53 in comm 1140850688): application
        called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, -1) - process 53<br>
        <br>
        gcq#37: "They Were So Quiet About It" (Pixies)<br>
        <br>
        Abort(-1) on node 62 (rank 62 in comm 1140850688): application
        called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, -1) - process 62<br>
        <br>
        <br>
      </font></font>
  </body>
</html>