
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div>Dear gmx users,</div><div>I want to simulate POPC in water. In equilibration step, I have to make an index file. But when I enter this command, I do not know to choose which group to make a suitable .ndx file which matches the molecule types and molecules sections in .top file .<br></div><div><br></div><div>The .top file contains these:</div><div><br></div><div><br>[ moleculetype ]<br>; Name&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3</div><div>.</div><div>.</div><div>.</div><div>.<br></div><div>[ system ]<br>; name<br>POPC in water<br><br>[ molecules ]<br>; name&nbsp;&nbsp;&nbsp; number<br>POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 128&nbsp;&nbsp; <br>SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3800<br></div><div>&nbsp;<br></div><div><br></div><div>It is the command I enter:<br></div><div># make_ndx -f em.gro -o index.ndx</div><div>&nbsp; 0

 System&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 18056 atoms<br>&nbsp; 1 Other&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6656 atoms<br>&nbsp; 2 POP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6656 atoms<br>&nbsp; 3 Water&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 11400 atoms<br>&nbsp; 4 SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 11400 atoms<br>&nbsp; 5 non-Water&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6656 atoms<br><br>&nbsp;nr : group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; !&nbsp;&nbsp; 'name' nr name&nbsp;&nbsp; 'splitch' nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; Enter: list groups<br>&nbsp;'a': atom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &amp;&nbsp;&nbsp; 'del'

 nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'splitres' nr&nbsp;&nbsp; 'l': list residues<br>&nbsp;'t': atom type&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; 'keep' nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'splitat' nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'h': help<br>&nbsp;'r': residue&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'res' nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'chain' char<br>&nbsp;"name": group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'case': case sensitive&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'q': save and quit<br>&nbsp;'ri': residue index&nbsp; <br></div><div><br></div><div>Now, what is the correct answer? Anybody can suggest me? <br></div><div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div>Shima<br></div><div>ge<br></div></div></body></html>