<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style></head>
<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>

Hi.<div><br></div><div>I am trying to the the PMF of transferring a drug molecule from the aqueous phase to a lipid bilayer.</div><div><br></div><div>In order to minimize the effects of membrane undulations I tried to use pull_geometry=cylinder.</div><div><br></div><div>Whenever I run a short simulation with umbrella sampling starting from a configuration with the drug molecule way above the bilayer</div><div>the drug molecule is pulled into the bilayer rather rapidly. It appears as if the distance between the cylinder's COM and&nbsp;</div><div>the drug molecule's COM is supposed to be zero since it is pulled to the center of the membrane.&nbsp;</div><div><br></div><div>Since I apply an umbrella potential I find this weird and I would of course like the molecule to</div><div>"stay put" at that current z-position. Probably I set up&nbsp;the pull code wrong. Here are my options:</div><div><br></div><div><div>pull &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= umbrella</div><div>pull_geometry &nbsp; &nbsp; = cylinder</div><div>pull_dim &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = N N Y</div><div>pull_ngroups &nbsp; &nbsp;<span class="ecxApple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= 1</div><div>pull_rate1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="ecxApple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= 0.0</div><div>pull_k1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <span class="ecxApple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>&nbsp;= 1000</div><div>pull_start &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= yes</div><div>pull_init1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.0</div><div>pull_vec1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.0 0.0 1.0</div><div>pull_pbcatom0 &nbsp; &nbsp; = 0</div><div>pull_ngroups &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1</div><div>pull_group0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = DPPC</div><div>pull_group1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= drug</div></div><div><br></div><div>Have not decided the radii of the cylinder yet, but that is besides the point here.</div><div><br></div><div>I run with the 4.5.5 version and cannot figure what the problem is.</div>                                               </div></body>
</html>