Francesco,<br><br>Thanks, I find your aproach very handfull :)<br><br>Justin,<br><br>in that example I&#39;ve defined in minim.mdp<br><br><b>disre = simple<br><br></b><b><a name="nmr"><b>disre_f = 5000<br><br>in the topology.top I&#39;ve included<br>
<br></b></a></b> [ distance_restraints ]<br>
    ; ai aj type index type’ low up1 up2 fac<br>
       1 10  1    0     1    0.18 0.20 0.22 1.0<br><br>where 1 and 10 the numbers of the S atoms of both Cys residues. and 0.2 is the disered distance between wich I want to obtain after such minimisation.<br><b><b><br><br>
<br>As the consequence no changes have been detected after such CG minimisation :( What I&#39;ve forgotten ?<br><br>James<br><br><br></b></b><div class="gmail_quote">2012/4/28 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="im"><br>
<br>
On 4/28/12 10:08 AM, James Starlight wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
.. and the main question- what should be in mdp file of such restrained<br>
minimisation ?<br>
<br>
Today I&#39;ve done vry properly minimisation of such system in vacuum with the CG<br>
minimisator and applied disres ( above example ) with big force constant (<br>
disres options have been defined in the minim.mdp file ). As the result I have<br>
not noticed any perturbation in the distance between two S-S atoms the distance<br>
between wich I&#39;ve constrained.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
You need to add the applicable distance restraint settings for them to be utilized.<br>
<br>
<a href="http://manual.gromacs.org/online/mdp_opt.html#nmr" target="_blank">http://manual.gromacs.org/<u></u>online/mdp_opt.html#nmr</a><br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<br>
<br>
2012/4/28 James Starlight &lt;<a href="mailto:jmsstarlight@gmail.com" target="_blank">jmsstarlight@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jmsstarlight@gmail.com" target="_blank">jmsstarlight@gmail.com</a><u></u>&gt;&gt;<div class="im">
<br>
<br>
    Hi Francesco!<br>
<br>
    So I must define in the current topology the disres bettwen two S atoms ( in<br>
    the below example 1 and 10 ) to apply hormonic restains<br>
<br>
    [ distance_restraints ]<br>
    ; ai aj type index type’ low up1 up2 fac<br>
<br>
<br>
       1 10  1    0     1    0.18 0.20 0.22 1.0<br>
<br>
    to restrain this atoms within 0.2 nm. Does it correct ? Or should I use some other disres for such task ?<br>
<br>
    James<br>
<br>
<br>
<br>
    2012/4/28 francesco oteri &lt;<a href="mailto:francesco.oteri@gmail.com" target="_blank">francesco.oteri@gmail.com</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:francesco.oteri@gmail.com" target="_blank">francesco.oteri@gmail.<u></u>com</a>&gt;&gt;<div class="im"><br>
<br>
        Hi James,<br>
        usually people run a minimization using distance restrain on the two<br>
        atoms in order to<br>
        make them closer.<br>
        Then the obtained cnfiguration is used to recalculate the topology.<br>
<br>
        Francesco<br>
<br>
        2012/4/28 James Starlight &lt;<a href="mailto:jmsstarlight@gmail.com" target="_blank">jmsstarlight@gmail.com</a><br></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:jmsstarlight@gmail.com" target="_blank">jmsstarlight@gmail.com</a><u></u>&gt;&gt;<div class="im"><br>
<br>
            Dear Gromacs Users!<br>
<br>
            I have a model of my protein wich has 4 S-S bounds in the loop<br>
            regions. So I want to define in topology all those four S-S linkage.<br>
<br>
            Unfortunatelly one of that S-S have not been recognised by Gromacs (<br>
            Also I&#39;ve tried to check this bond in pymol and found that distance<br>
            between that two Cys Cys are larger for S-S occurence) due to some<br>
            inaccyracy of model.<br>
<br>
            Is there any way to define such missing S-S manually? On the gromacs<br>
            site I&#39;ve found possible sollution by means of spechbond.dat<br>
            editing. I&#39;ve tried to increase distance between S-S atoms but this<br>
            have not had desirebly affect.<br>
<br>
            In the topology.top file I&#39;ve found that the S-S bonds beetween S<br>
            atoms are defined in the bond section without any type for such bond<br>
            type. Also I&#39;ve found that the same enties are present in the angle<br>
            and dihedralls sections.  Could I define the same contact only in<br>
            the bond section and further minimise my system to obtain new S-S<br>
            linckage or should I also define all other enties ( like dihedralls<br>
            etc) for that bond ?<br>
<br>
<br>
            Thanks for help<br>
<br>
<br>
            James<br>
<br>
            --<br>
            gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
            &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
            <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
            Please search the archive at<br>
            <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
            Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
            www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
            &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
            Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
        --<br>
        Cordiali saluti, Dr.Oteri Francesco<br>
<br>
        --<br></div>
        gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im">
<br>
        <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
        Please search the archive at<br>
        <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
        Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
        www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
        Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</div></blockquote>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>