Dear Gromacs Users!<br><br>I have a model of my protein wich has 4 S-S bounds in the loop regions. So I want to define in topology all those four S-S linkage.<br><br>Unfortunatelly one of that S-S have not been recognised by Gromacs ( Also I&#39;ve tried to check this bond in pymol and found that distance between that two Cys Cys are larger for S-S occurence) due to some inaccyracy of model.<br>
<br>Is there any way to define such missing S-S manually? On the gromacs site I&#39;ve found possible sollution by means of spechbond.dat editing. I&#39;ve tried to increase distance between S-S atoms but this have not had desirebly affect.<br>
<br>In the topology.top file I&#39;ve found that the S-S bonds beetween S atoms are defined in the bond section without any type for such bond type. Also I&#39;ve found that the same enties are present in the angle and dihedralls sections.  Could I define the same contact only in the bond section and further minimise my system to obtain new S-S linckage or should I also define all other enties ( like dihedralls etc) for that bond ?<br>
<br><br>Thanks for help<br><br><br>James<br>