<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div><span>Actually, I am confused somehow. <br></span></div><div><span>I want to equilibrate the system. It contains popc and water. To equilibrate it, using .mdp file I use the nvt.mdp file as below.</span></div><div><span><br></span></div><div><span>title&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = NVT equilibration for POPC<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DPOSRES&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; position restrain the protein<br>; Run parameters<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; leap-frog integrator<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 2 * 50000 = 100 ps<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 2 fs<br>; Output control<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save coordinates every 0.2 ps<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save velocities every 0.2 ps<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save energies every 0.2 ps<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; update log file every 0.2 ps<br>; Bond parameters<br>continuation&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; first dynamics run<br>constraint_algorithm = lincs&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; holonomic constraints <br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained<br>lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; accuracy of
 LINCS<br>lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; also related to accuracy<br>; Neighborsearching<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; search neighboring grid cels<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 10 fs<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; short-range neighborlist cutoff (in nm)<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; short-range electrostatic cutoff (in nm)<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; short-range van der Waals cutoff (in nm)<br>; Electrostatics<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Particle Mesh Ewald for long-range
 electrostatics<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; cubic interpolation<br>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; grid spacing for FFT<br>; Temperature coupling is on<br>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = V-rescale&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; modified Berendsen thermostat<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = POPC SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; two coupling groups - more accurate<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; time constant, in ps<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 323 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 323&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; reference temperature, one for each group, in K<br>; Pressure coupling is
 off<br>pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = no &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; no pressure coupling in NVT<br>; Periodic boundary conditions<br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 3-D PBC<br>; Dispersion correction<br>DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EnerPres&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; account for cut-off vdW scheme<br>; Velocity generation<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; assign velocities from Maxwell distribution<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 323&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; temperature for Maxwell distribution<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; generate a random seed<br><br><br></span></div><div><span><br></span></div><div><span> I enter this command:</span></div><div><span># grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p popc.top -o
 nvt.tpr</span></div><div><br><span></span></div><div><span>Getting this </span><span>fatal error:<br>Group POPC not found in index file.<br>Group names must match either [moleculetype] names<br>or custom index group names,in which case you<br>must supply an index file to the '-n' option of grompp. <br></span></div><div><br><span></span></div><div><span>I don't </span><span>need </span><span>index file, do I?&nbsp; What is the problem with my .mdp file?</span></div><div><br><span></span></div><div><span>Cheers,</span></div><div><span>Shima<br></span></div><div><br><span></span></div><div><span><br></span></div><div><span><br></span></div><div><br></div>  <div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Justin A. Lemkul
 &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Sunday, April 29, 2012 3:10 AM<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] Make an index file<br> </font> </div> <br>
<br><br>On 4/28/12 2:06 PM, Peter C. Lai wrote:<br>&gt; #2<br>&gt;<br>&gt; Generally a good idea to keep the names consistent, however - why are you using<br>&gt; POP in the coordinate file instead of POPC?<br><br>If it is a .pdb file, the standard residue name occupies 3 characters.&nbsp; Many <br>files (including those from Tieleman) are distributed with such names.<br><br>To the OP's original question - the commands you issue depend on what you're <br>trying to achieve.&nbsp; What group do you need to create?<br><br>-Justin<br><br>&gt; --<br>&gt; Sent from my Android phone with K-9 Mail. Please excuse my brevity.<br>&gt;<br>&gt; Shima Arasteh &lt;<a ymailto="mailto:shima_arasteh2001@yahoo.com" href="mailto:shima_arasteh2001@yahoo.com">shima_arasteh2001@yahoo.com</a>&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  Dear gmx users,<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  I want to simulate POPC in water. In equilibration step, I have to make an<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  index file.
 But when I enter this command, I do not know to choose which<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  group to make a suitable .ndx file which matches the molecule types and<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  molecules sections in .top file .<br>&gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  The .top file contains these:<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  [ moleculetype ]<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  ; Name nrexcl<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  POPC 3<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  .<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  .<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  .<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  .<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  [ system ]<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  ; name<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  POPC in water<br>&gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  [ molecules ]<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  ; name number<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  POPC 128<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  SOL 3800<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  It is the command I enter:<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  # make_ndx -f em.gro -o index.ndx<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  0 System : 18056 atoms<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  1 Other : 6656 atoms<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  2 POP :
 6656 atoms<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  3 Water : 11400 atoms<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  4 SOL : 11400 atoms<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  5 non-Water : 6656 atoms<br>&gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  nr : group ! 'name' nr name 'splitch' nr Enter: list groups<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  'a': atom &amp; 'del' nr 'splitres' nr 'l': list residues<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  't': atom type | 'keep' nr 'splitat' nr 'h': help<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  'r': residue 'res' nr 'chain' char<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  "name": group 'case': case sensitive 'q': save and quit<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  'ri': residue index<br>&gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  Now, what is the correct answer? Anybody can suggest me?<br>&gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  Thanks in advance,<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  Shima<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  ge<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br><br>-- <br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia
 Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]<a target="_blank" href="http://vt.edu">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br><br>========================================<br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>