<b style>                                                         <big><big> How to use gromacs using openmpi</big></big></b><br style><br style><span style>Hello all, i am an undergraduate student here at VIT University Vellore,INDIA, I m trying to run mdrun on a cluster using openmpi, so for that i have used Ubuntu 11.04 server edition , and made a cluster of </span><b style>one master and two slaves machine</b><span style>, and configured the ssh between master and slave so now i can ssh in to slave from master without password (one way), then i had installed </span><b style>openmpi-bin, openmpi-doc, openmpi-dev and gromacs-openmpi (VERSION - 4.5.4</b><span style>)on all three( 1M &amp; 2S) machines. For making cluster i followed this tutorial - </span><br style>
<br style><a href="http://randomusefulnotes.blogspot.in/2010/12/setting-up-mpi-cluster-on-ubuntu.html" target="_blank" style>http://randomusefulnotes.blogspot.in/2010/12/setting-up-mpi-cluster-on-ubuntu.html</a><br style>
<br style><span style>After setting up that cluster i had transfered my input file to all 3 computers in their home directories. </span><br style><span style>Each pc configuration-</span><br style><span style>3 GB ram and Intel core2duo 2.9 GHz processor</span><br style>
<br style><span style>hostfile-{2 slave ips}</span><br style><span style>192.168.42.130</span><br style><span style>192.168.42.131</span><br style><br style><span style>Now problem start, </span><span style>My aim is to combine all power and decrease the run time.I</span><span style> had tested following 3 commands on master computer.</span><br style>
<span style>1- mdrun_mpi --hostfile hostfile -np 4 -s input.tpr    </span><br style><span style>         This command starts mdrun on all the nodes and they are generating same output file in their home directories. so no use.</span><br style>
<br style><br style><span style>2- mpirun --hostfile hostfile -np 4 mdrun_mpi -s input.tpr </span><br style><span style>                        This command does nothing just shows the hostname of 2 slave computers and remain silent.</span><br style>
<br style><br style><span style>3- mpirun -np 4 mdrun_mpi --hostfile hostfile -s input.tpr</span><br style><span style>                         This command runs mdrun only on master computer, i doesn&#39;t even detect other nodes.</span><br style>
<br style><span style>Please someone help me, what mistake i am doing, please suggest.</span><br style><font color="#222222" face="arial, sans-serif"><br></font>-- <br><font style="font-family:georgia,serif" size="4">Dharmendra Kumar Verma</font><br>
<font style="font-family:georgia,serif" size="2">B-Tech Bioinformatics<br>VIT University, TN (India)<br>Web- <a href="http://www.dkvermalinux.in" target="_blank">http://www.dkvermalinux.in</a></font><br><br>