<div>Dear Gmx Users,</div>
<div> </div>
<div>My system invloves protein and ligan. I am pulling ligand away from my protein, then extract coordinates to prepare windows. I am wondering whether in Umbrella Sampling before running each window sampling do we run positio restarin dynamics of protein and ligand e.g. for 100 ps to soak the system or like in Justin tutorial his NPT equlibration was the same as sampling with no restarints?</div>

<div> </div>
<div>Thank you</div>
<div> </div>
<div>Steven </div>