
<br>Dear GROMACS users,<br><br>I have a nanoparticle (perfect sphere) and want to enclose it into a rhombic dodecahedron. For this purpose I use the following command lines<br><br>editconf_d4.5.5 -f nano.gro -bt dodecahedron -d 1 -c -o nano_box.gro<br>

grompp_d4.5.5 -f em.mdp -c nano_box.gro -p nano.top -o nano_box_EM.tpr<br>mdrun_d4.5.5 -v -deffnm nano_box_EM<br><br>echo 0 | trjconv_d4.5.5 -pbc mol -ur compact -f nano_box_EM.trr -s nano_box_EM.tpr -o nano_em_dodecahedron.xtc<br>

echo 2 | g_mindist_d4.5.5 -f nano_em_dodecahedron.xtc -s nano_box_EM.tpr -pi -od nano_mindist.xvg<br><br>The first paradox is that the nanoparticle is fragmented in the dodecahedron representation for -d (editconf option) less that 1 nm. The second paradox is that the minimum distance between periodic images for -d 0.5, 1, 2, 3 is 0.183, 0.237, 4.171 and 6.167 nm respectively. The last two distances are close to the expected values but the first two are far from them. I would expect ~1 and ~2 nm for -d 0.5 and 1 respectively, since by definition with option -d and dodecahedron, the dimensions are set to the diameter of the system (largest distance between atoms) plus twice the speciﬁed distance. Can anyone explain what&#39;s happening?<br>

<br>Thanks in advance.<br>Thomas<br><br><br clear="all"><br>-- <br>


<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">======================================================================</p>

<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">Thomas Evangelidis</p>

<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">PhD student</p>

<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">Biomedical Research

Foundation, Academy of Athens</p>

<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">4 Soranou Ephessiou , 115 27

Athens, Greece<br><br>email: <a href="mailto:tevang@bioacademy.gr" target="_blank">tevang@bioacademy.gr</a></p>

<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">                 <a href="mailto:tevang3@gmail.com" target="_blank">tevang3@gmail.com</a></p>

<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT"><br>website:

<a href="https://sites.google.com/site/thomasevangelidishomepage/" target="_blank">https://sites.google.com/site/thomasevangelidishomepage/</a></p>

<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT"><br>

</p>

<br>