Dear gmx users,<br><br>please accept my apologies if mine is a stupid question or it has already been done to you. I have been looking at the mailing list but I was unable to find any satsfying answer to my problem. I am going to run MD on a homogalacturonan chain (polysaccharide like chain composed by a-D-galacturonic acid residues) with different degree of methylation. <br>
<br>The parameters for the monomers composing the HG chains have already been parametrized and are included in the glycam 06 forcefield. I want to use this forcefield (glycam) to run my simulations.<br><br>Is there an automated way to create a gromacs topology using a pdb file? Can PRODRG, ATB, or any other programs create the gromacs topology (including glycam parameters) for my molecule? <br>
<br>Any help will be very much appreciated. <br><br>Thank you in advance for your time. <br><br>Cheers,<br>Davide<br clear="all"><br><br>