<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Dear Mr. Peter C. Lai,</div><div><br></div><div>I appreciate your kind response.</div><div><br></div><div>I apologize for the delay on my part.</div><div>This NBFIX parameters that I'm working with came from the str file in http://terpconnect.umd.edu/~jbklauda/research/download/chol_new.str , which dates from 2012.</div><div>I successfully converted this whole file, now I'm wondering about this NBFIX section.</div><div>I'm thinking about converting these values from Kcal to KJ and Angstrom to nm, adapt and append to [ pairtypes ]. Could this be the right move?</div><div>Thanks again,</div><div><br></div><div>Ricardo.<br></div><div><br></div><br><div><br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; margin-top: 5px; padding-left: 5px;">  <div style="font-family: times new roman, new york,
 times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">De:</span></b> Peter C. Lai &lt;pcl@uab.edu&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">Para:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Enviadas:</span></b> Segunda-feira, 30 de Abril de 2012 20:46<br> <b><span style="font-weight: bold;">Assunto:</span></b> Re: [gmx-users] NBFIX to gromacs<br> </font> </div> <br>NBFIXes haven't been used in charmm for a long time (1998), although <br>current versions still read topologies containing those records. Perhaps you <br>should reparameterize your molecule with a more current version? (Or start with<br>the coordinate file and use pdb2gmx with the converted ff). The only thing I<br>can think of if you really need to do it is to
 create new atom types.<br>As far as I know, gromacs only supports 1 set of vdw coefficients and a 1-4<br>pair.<br><br><br><br>On 2012-04-30 01:30:59PM -0700, Ricardo O. S. Soares wrote:<br>&gt; Hello GMX users,<br>&gt; <br>&gt; does anyone that dealt with Charmm before knows how to translate the NBFIX section into a Gromacs ff format? After convertion from KCal to KJ, does it go into [pairtypes]?<br>&gt; I see that it concerns to corrections in LJ interactions, however the charmm documentation seems a bit unclear to me.<br>&gt; <br>&gt; Thanks again,<br>&gt; &nbsp;Ricardo.<br><br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a
 href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br>-- <br>==================================================================<br>Peter C. Lai&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; | University of Alabama-Birmingham<br>Programmer/Analyst&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; | KAUL 752A<br>Genetics, Div. of Research&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 705 South 20th Street<br><a ymailto="mailto:pcl@uab.edu" href="mailto:pcl@uab.edu">pcl@uab.edu</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; | Birmingham AL 35294-4461<br>(205) 690-0808&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>==================================================================<br><br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a
 href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br> </div> </div> </blockquote></div>   </div></body></html>