<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 2/05/2012 5:12 PM, Anik Sen wrote:
    <blockquote
      cite="mid:BDE9D87D31C781498280133FD1BE69A51DE3DF9C@EXCHANGE.csmcri.org"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <style id="owaParaStyle" type="text/css">
<!--
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
-->
</style>
      <div style="direction:ltr; font-family:Tahoma; color:#000000;
        font-size:10pt">Hi,<br>
        <font style="font-family:Times New Roman" size="4">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Am Anik
          Sen, using gromacs 3.3.2 version. I have a very simple
          question to ask,
          <br>
          <br>
          In the mdp file, like the emmod.mdp or run.mdp needed for a MD
          run there are three factors namely,<span
            style="font-weight:bold"> rlist, rcoulomb and rvdw.</span><br>
          1. Is there any minimum value for these three below which the
          results will be absurd for any system, or we can use any value
          for these?<br>
          2. For a system we are using 0.1. Is this a right one or not?</font><br>
      </div>
    </blockquote>
    <font size="4"><br>
      You should be attempting to replicate either the parameter regime
      under which your force field was developed, or a similar set under
      which it has been shown to produce results that agree with real
      observations. Pulling numbers out of the air is not appropriate.<br>
      <br>
      Mark<br>
    </font>
  </body>
</html>