<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi,<br><br>I try to pull the small molecule from the bulk solution to the surface by the Constraint function.<br>However, it seems that it does not work well.<br><br>Here my part of run parameters about the Constraint in my mdp file<br><br>##############################<br><br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds; hbonds; all-bonds<br>constraint-algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Lincs<br><br>pull&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = constraint<br>pull_geometry&nbsp;&nbsp; = distance<br>pull_dim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = N N Y<br>pull_ngroups&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>pull_group0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Surface<br>pull_group1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein<br>pull_nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>pull_nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>pull_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 -0.001<br>pull_init1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.73331<br>##########################<br><br>Based my understanding, the pull_rate1 is about -0.001/ps.<br>That means in the pullx.xvg file, the distance shoud be as follows (only the z-distance shown, time step is 1fs.)<br>1.73<span style="font-weight: bold;">3</span>31<br>1.72<span style="font-weight: bold;">2</span>31<br>1.72<span style="font-weight: bold;">1</span>31<br>1.72<span style="font-weight: bold;">0</span>31<br>.<br>.<br>However, in my simulation, the results from the simulation is as follow:<br>1.73331<br>1.71154<br>1.75043<br>1.73213<br>1.78065<br>1.79769<br>1.84298<br>1.87008<br><br>It seems some force has been imposed on the pull molecules.<br>But in the pullf.xvg the force is ZERO.<br>I used the latest gromacs version, But for the gromacs4.0 it works very well (works as what I think).<br>Can someone help me about the issue?<br><br>Thanks a lot<br><br>Jerry<br><br></td></tr></table>