<div dir="rtl"><div dir="ltr" style="text-align:left"><pre style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><font>Hi gmx users,</font></pre><font><br style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Well, I saw this question but the answer was not understood.</span><br style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">

<span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I&#39;m trying to work with the file 1PPB.pdb. There are 2 chains connected with a disulfide bond. Gromacs automatically adds H atoms.</span><br style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">

<span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Although the disulfide bond is there, Gromacs ignore it because <b>each cystein is on a different chain</b>. So it adds H and therefor the disulfide bond is ruined during energy minimization.</span><br style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">

<span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Is there any way to recreate such a disulfide bond (Please don&#39;t tell me again about &quot;-ss&quot; it works only on one chain. Moreover, the bond is existed on the pdf file.) or never ruined it at the first place?</span><br style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">

<br style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Many thanks,</span><br style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hagit.</span><br>

</font><br></div></div>