Dear Gmx Users,<br><br>I run the simulation of protein-ligand complex. Then I extracted coordinates for SMD - I want to pull away my ligand. I used to topology from pevious simulation, so I removed water, ions from topol.top as the size box will be changed etc. I placed protein-ligan in new box and solvated the system. Now I want to proceed to add ions:<br>
<br><pre style="color:rgb(0,0,0)">grompp -f minim.mdp -c Solv1.gro -p topol1.top -o ions1.tpr</pre><br>Fatal error: Incorrect number of parameters - found 3, expected 2 or 4 for LJ-14.<br><br>Well there is nothing wrong with the topology files as I took them from previus simulation just removing water and ions. I think that Gromacs does not read whole file...<br>
Have you ever had such problem?<br><br>I will appreciate any help,<br><br>Steven<br>