Have a look at <a href="http://code.google.com/p/acpype/wiki/TutorialAcpype4Gromacs">http://code.google.com/p/acpype/wiki/TutorialAcpype4Gromacs</a><div><br></div><div>There there&#39;s a note:</div><div><br></div><div><strong style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;font-style:normal;font-variant:normal;letter-spacing:normal;line-height:16px;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255)">NB(1):</strong><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:16px;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline!important;float:none"> </span><tt style="font-family:Monaco,&#39;DejaVu Sans Mono&#39;,&#39;Bitstream Vera Sans Mono&#39;,&#39;Lucida Console&#39;,monospace;font-size:12px;max-width:66em;color:rgb(0,0,0);font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:16px;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255)">#include &quot;Ligand.itp&quot;</tt><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:16px;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline!important;float:none"> has to be inserted right after </span><tt style="font-family:Monaco,&#39;DejaVu Sans Mono&#39;,&#39;Bitstream Vera Sans Mono&#39;,&#39;Lucida Console&#39;,monospace;font-size:12px;max-width:66em;color:rgb(0,0,0);font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:16px;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255)">ffamber**.itp</tt><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:16px;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline!important;float:none"> line and before </span><tt style="font-family:Monaco,&#39;DejaVu Sans Mono&#39;,&#39;Bitstream Vera Sans Mono&#39;,&#39;Lucida Console&#39;,monospace;font-size:12px;max-width:66em;color:rgb(0,0,0);font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:16px;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255)">Protein_*.itp</tt><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:16px;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline!important;float:none"> line in </span><i style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:16px;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255)">Complex.top</i><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:16px;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline!important;float:none">.</span><br>

<br></div><div>Are you inserting your gbsa.itp in the *right* place of your top file?</div><div><br></div><div>Alan</div><div><br><div class="gmail_quote">On 4 May 2012 14:14, Vedat Durmaz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:durmaz@zib.de" target="_blank">durmaz@zib.de</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <br>
    thanks justin and alan.<br>
    <br>
    i also had the suspicion that the error is caused by case
    sensitivity. simply replacing all atom types from lower to upper
    case within the ligand.itp file yields the same error: &quot;missing gb
    parameters&quot;.<br>
    <br>
    <br>
    using the &quot;--disambiguate&quot; option for the parameterization with
    acpype has exactly no effect. the generated *_GMX.itp file still
    contains the same lower case letters for each atom type. am i doing
    something wrong?<br>
    <br>
    <br>
    when using the &quot;-atom amber&quot; option (amber99sb instead of gaff), i
    do get upper case types, which are not always the same as given with
    &quot;-a gaff&quot;. however, again, i am told by grompp, that GB parameters
    are missing for 15 atom types. and again, most of theese atom types
    ARE included in the respective gbsa.itp file (in
    share/gromacs/top/amber99sb.ff), but few are not.<br>
    <br>
    and according to those atom types that are not mentioned in grompp&#39;s
    error output: about half of them is listed in gbsa.itp while the
    other ones are not. <br>
    <br>
    i can&#39;t see any correlation between the atom types listed in my
    parameterized molecule&#39;s itp-file and the entries in gbsa.itp.<br>
    <br>
    does anyone have any idea? is there perhaps some other force
    field/database file that is checked apart from gbsa.itp?!<br>
    <br>
    thanks again,<br>
    <br>
    vedat<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    Am 04.05.2012 11:23, schrieb Alan:
    <div><div class="h5"><blockquote type="cite">Hi there,
      <div><br>
      </div>
      <div>look at &#39;acpype -h&#39;, in particular:</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <div> -g, --disambiguate    disambiguate lower and uppercase
          atomtypes in GMX top</div>
        <div>                        file</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Alan</div>
        <br>
        <div class="gmail_quote">On 3 May 2012 14:34, Vedat Durmaz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:durmaz@zib.de" target="_blank">durmaz@zib.de</a>&gt;</span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            <br>
            hi guys,<br>
            <br>
            i&#39;m trying to simulate some receptor ligand system with
            implicit solvent using gbsa in order to get a quick folding
            of some tens of N-terminal peptides. this works pretty well
            with the target only applying the amber99sb FF. as soon as i
            try to simulate it together with the ligand which was
            parameterized with acpype (using amber-antechamber), i get
            the following error at the grompp step:<br>
            <br>
            GB parameter(s) missing or negative for atom type &#39;cc&#39;<br>
            GB parameter(s) missing or negative for atom type &#39;n&#39;<br>
            ...<br>
            Fatal error:<br>
            Can&#39;t do GB electrostatics; the implicit_genborn_params
            section of the forcefield is missing parameters for 15
            atomtypes or they might be negative.<br>
            <br>
            <br>
            the atom types in the error output are exactly those listed
            in the [ atom types ] section of the ligand&#39;s topology file
            created with acpype/antechamber. however, the atom types
            mentioned here ARE listed in the respective gbsa.itp file
            which looks like this:<br>
            <br>
            <br>
            [ implicit_genborn_params ]<br>
            <br>
            ; atype      sar      st     pi       gbr       hct<br>
            ...<br>
            CC           0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C<br>
            <br>
            <br>
            does anybody know how to handle this problem?<br>
            <br>
            and is there someone that can tell me how (with which
            parameter values) to add GAFF atom types like e.g. &quot;ss&quot;,
            &quot;hn&quot;, &quot;hx&quot;, &quot;os&quot; to the gbsa.itp file?<br>
            <br>
            thanks in advance and take care<span><font color="#888888"><br>
                <br>
                vedat durmaz<br>
                <br>
                <br>
                <br>
                <br>
                -- <br>
                gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
                <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
                Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
                before posting!<br>
                Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list.
                Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
                Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
              </font></span></blockquote>
        </div>
        <br>
        <br clear="all">
        <div><br>
        </div>
        -- <br>
        Alan Wilter SOUSA da SILVA, DSc
        <div>Bioinformatician, UniProt - PANDA, EMBL-EBI<br>
          CB10 1SD, Hinxton, Cambridge, UK</div>
        <div><a href="tel:%2B44%201223%2049%204588" value="+441223494588" target="_blank">+44 1223 49 4588</a></div>
        <br>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
  </div></div></div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Alan Wilter SOUSA da SILVA, DSc<div>

Bioinformatician, UniProt - PANDA, EMBL-EBI<br>CB10 1SD, Hinxton, Cambridge, UK</div><div>+44 1223 49 4588</div><br>
</div>