<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <br>
    thanks justin and alan.<br>
    <br>
    i also had the suspicion that the error is caused by case
    sensitivity. simply replacing all atom types from lower to upper
    case within the ligand.itp file yields the same error: "missing gb
    parameters".<br>
    <br>
    <br>
    using the "--disambiguate" option for the parameterization with
    acpype has exactly no effect. the generated *_GMX.itp file still
    contains the same lower case letters for each atom type. am i doing
    something wrong?<br>
    <br>
    <br>
    when using the "-atom amber" option (amber99sb instead of gaff), i
    do get upper case types, which are not always the same as given with
    "-a gaff". however, again, i am told by grompp, that GB parameters
    are missing for 15 atom types. and again, most of theese atom types
    ARE included in the respective gbsa.itp file (in
    share/gromacs/top/amber99sb.ff), but few are not.<br>
    <br>
    and according to those atom types that are not mentioned in grompp's
    error output: about half of them is listed in gbsa.itp while the
    other ones are not. <br>
    <br>
    i can't see any correlation between the atom types listed in my
    parameterized molecule's itp-file and the entries in gbsa.itp.<br>
    <br>
    does anyone have any idea? is there perhaps some other force
    field/database file that is checked apart from gbsa.itp?!<br>
    <br>
    thanks again,<br>
    <br>
    vedat<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    Am 04.05.2012 11:23, schrieb Alan:
    <blockquote
cite="mid:CAEznbzkUPcmQdM0A-h2OQN5-rRW4pJ9wmew05VjQNaEb_EgJqQ@mail.gmail.com"
      type="cite">Hi there,
      <div><br>
      </div>
      <div>look at 'acpype -h', in particular:</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <div>&nbsp;-g, --disambiguate &nbsp; &nbsp;disambiguate lower and uppercase
          atomtypes in GMX top</div>
        <div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; file</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Alan</div>
        <br>
        <div class="gmail_quote">On 3 May 2012 14:34, Vedat Durmaz <span
            dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:durmaz@zib.de" target="_blank">durmaz@zib.de</a>&gt;</span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
            .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            <br>
            hi guys,<br>
            <br>
            i'm trying to simulate some receptor ligand system with
            implicit solvent using gbsa in order to get a quick folding
            of some tens of N-terminal peptides. this works pretty well
            with the target only applying the amber99sb FF. as soon as i
            try to simulate it together with the ligand which was
            parameterized with acpype (using amber-antechamber), i get
            the following error at the grompp step:<br>
            <br>
            GB parameter(s) missing or negative for atom type 'cc'<br>
            GB parameter(s) missing or negative for atom type 'n'<br>
            ...<br>
            Fatal error:<br>
            Can't do GB electrostatics; the implicit_genborn_params
            section of the forcefield is missing parameters for 15
            atomtypes or they might be negative.<br>
            <br>
            <br>
            the atom types in the error output are exactly those listed
            in the [ atom types ] section of the ligand's topology file
            created with acpype/antechamber. however, the atom types
            mentioned here ARE listed in the respective gbsa.itp file
            which looks like this:<br>
            <br>
            <br>
            [ implicit_genborn_params ]<br>
            <br>
            ; atype &nbsp; &nbsp; &nbsp;sar &nbsp; &nbsp; &nbsp;st &nbsp; &nbsp; pi &nbsp; &nbsp; &nbsp; gbr &nbsp; &nbsp; &nbsp; hct<br>
            ...<br>
            CC &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.172 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.554 &nbsp; &nbsp;0.1875 &nbsp; &nbsp;0.72 ; C<br>
            <br>
            <br>
            does anybody know how to handle this problem?<br>
            <br>
            and is there someone that can tell me how (with which
            parameter values) to add GAFF atom types like e.g. "ss",
            "hn", "hx", "os" to the gbsa.itp file?<br>
            <br>
            thanks in advance and take care<span class="HOEnZb"><font
                color="#888888"><br>
                <br>
                vedat durmaz<br>
                <br>
                <br>
                <br>
                <br>
                -- <br>
                gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
                <a moz-do-not-send="true"
                  href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
                  target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
                Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
                  target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
                before posting!<br>
                Please don't post (un)subscribe requests to the list.
                Use the www interface or send it to <a
                  moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
                  target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
                Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
                  href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
                  target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
              </font></span></blockquote>
        </div>
        <br>
        <br clear="all">
        <div><br>
        </div>
        -- <br>
        Alan Wilter SOUSA da SILVA, DSc
        <div>Bioinformatician, UniProt - PANDA, EMBL-EBI<br>
          CB10 1SD, Hinxton, Cambridge, UK</div>
        <div>+44 1223 49 4588</div>
        <br>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
  </body>
</html>