<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><br><div><div>4 maj 2012 kl. 10.45 skrev Dommert Florian:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>On Thu, 2012-05-03 at 18:43 +0200, Patrick Fuchs wrote: <br><blockquote type="cite">Hi Florian,<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">I remark that Langevin method is used also for explicit water system!<br></blockquote></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">But there a big question arises to me. The thermostatting by Langevin is<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">achieved due to random kicks. If I simulate all atoms explicitly, there<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">is only vacuum between the atoms. Where do the random kicks come from<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">and how do I set gamma, which is actually related to the viscosity of<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">the medium I am simulating in? If my medium is vacuum, then gamma should<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">be zero, shouldn't it, and gamma=0 means no coupling, and hence,<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">Newton's equation of motion are recovered.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">I am not an expert with the Langevin thermostat, so this are serious<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">questions that arise to me now. Furthermore I also thought, that<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">Langevin dynamics were exactly established for a description of a system<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">within a medium.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite">The use of Langevin dynamics (SD) to mimic solvant implicitely or as a <br></blockquote><blockquote type="cite">thermostat in explicit systems depends on the friction coefficient you <br></blockquote><blockquote type="cite">choose. It has to be chosen with care, see for example <br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="http://dx.doi.org/10.1007/b99427">http://dx.doi.org/10.1007/b99427</a> or the GROMACS manual. In explicit <br></blockquote><blockquote type="cite">simulations, SD with the appropriate choice of friction coefficient can <br></blockquote><blockquote type="cite">be seen as a local thermostat. The advantage is that it samples the <br></blockquote><blockquote type="cite">canonical ensemble (in the old versions of GROMACS it was the only way <br></blockquote><blockquote type="cite">to get the canonical ensemble before the implementation of Nose-Hoover <br></blockquote><blockquote type="cite">or velocity rescaling).<br></blockquote><br>Hi, thank you very much for pointing to this very interesting article.<br>However, though the method seems to work, gamma has a very big<br>influence. I also think, that this kind of coupling is not a good<br>picture for an explicit simulation, because there is nothing in space<br>where friction can arise from, so a reference how to obtain gamma is not<br>given. <br><br>But thanks everybody of you for the nice discussion.<br><br>/Flo<br></div></blockquote><div><br></div><div>Interesting discussion indeed. I'm just thinking that there might be no fundamental difference to other thermostats. There's nothing in the way that causes the friction, but then again, there's no physical particle that causes the stochastic term in v-rescale, and the Nosé-Hover particle is not physically "touching" the atoms either. &nbsp;In all cases the surroundings couples to the atoms in a way that can't be seen in e.g. a test tube.</div><div><br></div><div>Erik</div><br><blockquote type="cite"><div><br><blockquote type="cite">Ciao,<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Patrick<br></blockquote><blockquote type="cite">-- <br></blockquote><blockquote type="cite">_______________________________________________________________________<br></blockquote><blockquote type="cite">Patrick FUCHS<br></blockquote><blockquote type="cite">Dynamique des Structures et Interactions des Macromolécules Biologiques<br></blockquote><blockquote type="cite">INTS, INSERM UMR-S665, Université Paris Diderot,<br></blockquote><blockquote type="cite">6 rue Alexandre Cabanel, 75015 Paris<br></blockquote><blockquote type="cite">Tel : +33 (0)1-44-49-30-57 - Fax : +33 (0)1-43-06-50-19<br></blockquote><blockquote type="cite">E-mail address: <a href="mailto:patrick.fuchs@univ-paris-diderot.fr">patrick.fuchs@univ-paris-diderot.fr</a><br></blockquote><blockquote type="cite">Web Site: <a href="http://www.dsimb.inserm.fr/~fuchs">http://www.dsimb.inserm.fr/~fuchs</a><br></blockquote><br>-- <br>Florian Dommert<br>Dipl. - Phys.<br><br>Institute for Computational Physics<br>University Stuttgart<br><br>Pfaffenwaldring 27<br>70569 Stuttgart<br><br>EMail: <a href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a><br>Homepage: <a href="http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert">http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert</a><br><br>Tel.: +49 - (0)711 - 68563613<br>Fax.: +49 - (0)711 - 68563658<br>-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</div></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>-----------------------------------------------</div><div>Erik Marklund, PhD</div><div>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.</div><div>Husargatan 3, Box 596, &nbsp; &nbsp;75124 Uppsala, Sweden</div><div>phone: &nbsp; &nbsp;+46 18 471 6688 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fax: +46 18 511 755</div><div><a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a></div><div><a href="http://www2.icm.uu.se/molbio/elflab/index.html">http://www2.icm.uu.se/molbio/elflab/index.html</a></div></div></span></div></span></span>
</div>
<br></body></html>