Hi there,<div><br></div><div>look at &#39;acpype -h&#39;, in particular:</div><div><br></div><div><div> -g, --disambiguate    disambiguate lower and uppercase atomtypes in GMX top</div><div>                        file</div>

<div><br></div><div>Alan</div><br><div class="gmail_quote">On 3 May 2012 14:34, Vedat Durmaz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:durmaz@zib.de" target="_blank">durmaz@zib.de</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<br>
hi guys,<br>
<br>
i&#39;m trying to simulate some receptor ligand system with implicit solvent using gbsa in order to get a quick folding of some tens of N-terminal peptides. this works pretty well with the target only applying the amber99sb FF. as soon as i try to simulate it together with the ligand which was parameterized with acpype (using amber-antechamber), i get the following error at the grompp step:<br>


<br>
GB parameter(s) missing or negative for atom type &#39;cc&#39;<br>
GB parameter(s) missing or negative for atom type &#39;n&#39;<br>
...<br>
Fatal error:<br>
Can&#39;t do GB electrostatics; the implicit_genborn_params section of the forcefield is missing parameters for 15 atomtypes or they might be negative.<br>
<br>
<br>
the atom types in the error output are exactly those listed in the [ atom types ] section of the ligand&#39;s topology file created with acpype/antechamber. however, the atom types mentioned here ARE listed in the respective gbsa.itp file which looks like this:<br>


<br>
<br>
[ implicit_genborn_params ]<br>
<br>
; atype      sar      st     pi       gbr       hct<br>
...<br>
CC           0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C<br>
<br>
<br>
does anybody know how to handle this problem?<br>
<br>
and is there someone that can tell me how (with which parameter values) to add GAFF atom types like e.g. &quot;ss&quot;, &quot;hn&quot;, &quot;hx&quot;, &quot;os&quot; to the gbsa.itp file?<br>
<br>
thanks in advance and take care<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
vedat durmaz<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Alan Wilter SOUSA da SILVA, DSc<div>Bioinformatician, UniProt - PANDA, EMBL-EBI<br>CB10 1SD, Hinxton, Cambridge, UK</div><div>+44 1223 49 4588</div>

<br>
</div>