Hello all,<br><br>I have used g_hbond with -hbn option to generate a .ndx file that has Acceptor - Donor - Hydrogen in each line of the last index group.<br><br>But I wonder I could I use this index file to monitor each hydrogen bond specified by these triplets along the trajectory?<br>

<br>Also, I understand that the -ins in no longer available. But how can we analyze those water-mediated hydrogen bonds?<br><br>Thanks for any suggestion,<br><br>Yun<br>