Dear Colleagues, <br>                          I am trying to build a well equilibrated solvent box of aniline and N,N dimethyl aniline using the OPLS-AA parameters. I have built my topolgy files by closely following that given for 2-chloroaniline in the molecule and liquids database of <a href="http://virualchemistry.org">virualchemistry.org</a>. I have even downloaded the files of chloroaniline and ran short simulations. In those simulations I get negative potential and total energies, and even the Coulomb-recip term is negative. <br>
<br>When I switch to my systems aniline and DMA, for both I get negative potential energies for the minimized structure. However, the coulomb-recip term is positive in both cases. When I start my MD total energies for both aniline and DMA become positive, though aniline still retains a negative value of potential energy, the potential for DMA becomes positive. <br>
<br>My questions are : Are positive or negative energies of a system during simulation real indicators of something wrong in your MD ? <br>                            How is it possible that chloroaniline, aniline and DMA which are closely related systems have so different values of energies ?<br>
                            Does a positive Coulomb recip term indicate wrong representation of electrostatics ?<br><br>For all the systems I have used the charges from the OPLS-AA force field. Any help in this matter will be greatly appreciated. I have tried to think hard about these issues but my limited knowledge about simulations have not helped much<br>
<br>Best Regards,<br>Debayan Chakraborty  <br>